PlantPromoterDB promoter information of AT5G37510.1

Summary of Gene (AT5G37510.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G37510 TAIR NCBI
Gene model	AT5G37510.1
Description	Encodes a subunit of the 400 kDa subcomplex of the mitochondrial NADH dehydrogenase (complex I). The protein has been isolated in the male gametophyte.

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 14896490-14897689)

`Genome position from initiation codon` `AT5G37510.2 TSS from cDNA TSS information AT5G37510.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G37510.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 13 + 14897431 -59

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	13	+	14897431	-59

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 14897410 -80

TSS clone G clone + 14897411 -79

TSS clone A clone + 14897420 -70

TSS clone A clone + 14897432 -58

TSS clone A clone + 14897434 -56

TSS clone A clone + 14897440 -50

TSS clone C clone + 14897441 -49

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	14897410	-80
TSS clone	`G`	clone	+	14897411	-79
TSS clone	`A`	clone	+	14897420	-70
TSS clone	`A`	clone	+	14897432	-58
TSS clone	`A`	clone	+	14897434	-56
TSS clone	`A`	clone	+	14897440	-50
TSS clone	`C`	clone	+	14897441	-49

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCCTTCTCTCTC + 14897383 14897396 -107 -94

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCCTTCTCTCTC`	+	14897383	14897396	-107	-94
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAAAAGCCCACAAAGCCCAAAA + 14897290 14897311 -200 -179

AtREG589 AAAAAGCC               PPDB Motif PLACE Motif

AtREG409 AAAAGCCC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376   AAAGCCCA AAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG518    AAGCCCAC            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG559           CAAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG407             AAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG469              AGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG529               GCCCAAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TAAAAGCCCATAAAGCCCAAAA + 14897347 14897368 -143 -122

AtREG549 TAAAAGCC               PPDB Motif PLACE Motif

AtREG409 AAAAGCCC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376   AAAGCCCA AAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378    AAGCCCAT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG477     AGCCCATA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG394      GCCCATAA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG601          ATAAAGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG365           TAAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG407             AAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG469              AGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG529               GCCCAAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAAAAGCCCACAAAGCCCAAAA`		+	14897290	14897311	-200	-179
	AtREG589	`AAAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG409	`AAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG518	`AAGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG559	`CAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG469	`AGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG529	`GCCCAAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TAAAAGCCCATAAAGCCCAAAA`		+	14897347	14897368	-143	-122
	AtREG549	`TAAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG409	`AAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG477	`AGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG394	`GCCCATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG601	`ATAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG365	`TAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG469	`AGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG529	`GCCCAAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None