PlantPromoterDB promoter information of AT5G38110.1

Summary of Gene (AT5G38110.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G38110 TAIR NCBI
Gene model	AT5G38110.1
Description	This gene is predicted to encode a silencing group A protein. Plant lines expressing RNAi constructs directed against SGA1 have reduced levels of agrobacterium-mediated root transformation.

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 15207643-15208842)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G38110.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G38110.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 2 + 15208472 -171

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	2	+	15208472	-171

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 15208474 -169

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	15208474	-169

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCTTCTC + 15208501 15208508 -142 -135

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCTTCTC`	+	15208501	15208508	-142	-135
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTAGCCCATGGGCCTTAA + 15208271 15208288 -372 -355

AtREG571 TTAGCCCA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG581 TAGCCCAT          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG591     CCCATGGG       PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

AtREG507    GCCCATGGGC      PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

AtREG504       CATGGGCC     PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354        ATGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353         TGGGCCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG351          GGGCCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG416           GGCCTTAA PPDB Motif PLACE Motif

REG ACCGGTTAT + 15208396 15208404 -247 -239

AtREG503 ACCGGTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG548 CCGGTTAT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

REG ACCGGTTAAA + 15208418 15208427 -225 -216

AtREG503 ACCGGTTA   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG501 CCGGTTAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG645   CGGTTAAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTAGCCCATGGGCCTTAA`		+	15208271	15208288	-372	-355
	AtREG571	`TTAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG581	`TAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG591	`CCCATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	AtREG507	`GCCCATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	AtREG504	`CATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG351	`GGGCCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG416	`GGCCTTAA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ACCGGTTAT`		+	15208396	15208404	-247	-239
	AtREG503	`ACCGGTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG548	`CCGGTTAT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
REG	`ACCGGTTAAA`		+	15208418	15208427	-225	-216
	AtREG503	`ACCGGTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG501	`CCGGTTAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG645	`CGGTTAAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None