PlantPromoterDB promoter information of AT5G39520

Summary of Gene (AT5G39520)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G39520 TAIR NCBI
Gene model	AT5G39520
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 9 plant structures; EXPRESSED DURING: LP.06 six leaves visible, 4 anthesis, LP.04 four leaves visible, 4 leaf senescence stage, petal differentiation and expansion stage; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT5G39530.1); Has 121 Blast hits to 121 proteins in 44 species: Archae - 0; Bacteria - 67; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 31; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 23 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 15828266-15827067)

`Genome position from initiation codon` `AT5G39530.1 AT5G39535 AT5G39535.1 TSS from cDNA TSS information AT5G39520 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G39520

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone - 15825492 -76

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	15825492	-76

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 8 - 15827609 AT5G39530.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	8	-	15827609	AT5G39530.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCTTCT - 15827620 15827628 AT5G39530.1

Y Patch CTCTCTCT - 15827632 15827639 AT5G39530.1

Y Patch TCTCTCTTT - 15827651 15827659 AT5G39530.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCTTCT`	-	15827620	15827628	AT5G39530.1
Y Patch	`CTCTCTCT`	-	15827632	15827639	AT5G39530.1
Y Patch	`TCTCTCTTT`	-	15827651	15827659	AT5G39530.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GAAGCCCAAAA - 15827687 15827697 AT5G39530.1

AtREG476 GAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407 AAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG469   AGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG529    GCCCAAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATGCCACGTGGAC - 15827701 15827713 AT5G39530.1

AtREG448 ATGCCACG      ABA, DREB1Aox PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

AtREG379 TGCCACGT     ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG367   GCCACGTG    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC

AtREG408     CACGTGGA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG513      ACGTGGAC ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG CGTGTCAT - 15827801 15827808 AT5G39530.1

AtREG438 CGTGTCAT ABA PPDB Motif PLACE Motif