version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G39560.1

Summary of Gene (AT5G39560.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G39560  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G39560.1  
Description FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: shoot, cauline leaf, stamen, leaf; EXPRESSED DURING: LP.04 four leaves visible, petal differentiation and expansion stage, LP.08 eight leaves visible; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cyclin-like F-box (InterPro:IPR001810), Galactose oxidase/kelch, beta-propeller (InterPro:IPR011043), Kelch repeat type 1 (InterPro:IPR006652), Kelch related (InterPro:IPR013089), Kelch-type beta propeller (InterPro:IPR015915); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: kelch repeat-containing F-box family protein (TAIR:AT4G19870.2); Has 2231 Blast hits to 1863 proteins in 132 species: Archae - 8; Bacteria - 107; Metazoa - 1341; Fungi - 6; Plants - 633; Viruses - 27; Other Eukaryotes - 109 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 15844096-15842897)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT5G39560.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AT5G39570.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence




 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G39560.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA259+15843973AT5G39570.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneCclone+15843972AT5G39570.1
TSS cloneAclone+15843973AT5G39570.1
TSS cloneAclone+15843974AT5G39570.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxGTATAAATT+1584393715843945AT5G39570.1
Y PatchCTTCTTCC+1584392415843931AT5G39570.1
Y PatchCTTCTTCTT+1584400715844015AT5G39570.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCCGGTTAAA+1584375815843766AT5G39570.1
 AtREG501CCGGTTAA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
 AtREG645 CGGTTAAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
REGCCCACGTGGCAT+1584381615843827AT5G39570.1
 AtREG464CCCACGTG    ABA, Auxin, JA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG 
 AtREG367  CACGTGGC  ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC 
 AtREG379   ACGTGGCA ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC 
 AtREG448    CGTGGCATABA, DREB1Aox PPDB Motif  PLACE MotifGCCAC 
REGTCAAAACGC+1584389215843900AT5G39570.1
 AtREG653TCAAAACG  PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG585 CAAAACGC PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE MotifCAAAACGC 
REGAACGACGTC+1584404515844053AT5G39570.1
 AtREG493AACGACGT  PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
 AtREG431 ACGACGTC PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.