PlantPromoterDB promoter information of AT5G39570

Summary of Gene (AT5G39570)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G39570 TAIR NCBI
Gene model	AT5G39570
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cytosol, nucleus; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; Has 4 Blast hits to 4 proteins in 2 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 3; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 15843139-15844338)

`Genome position from initiation codon` `AT5G39570.1 TSS from cDNA TSS information AT5G39570 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G39560.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G39570

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 259 + 15843973 -166

TSS peak C 5 + 15844119 -20

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	259	+	15843973	-166
TSS peak	`C`	5	+	15844119	-20

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone + 15843972 -167

TSS clone A clone + 15843973 -166

TSS clone A clone + 15843974 -165

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	+	15843972	-167
TSS clone	`A`	clone	+	15843973	-166
TSS clone	`A`	clone	+	15843974	-165

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box GTATAAATT + 15843937 15843945 -202 -194

Y Patch CTTCTTCC + 15843924 15843931 -215 -208

Y Patch CTTCTTCTT + 15844007 15844015 -132 -124

Y Patch TCCTCTCTCAT + 15844152 15844162 13 23

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`GTATAAATT`	+	15843937	15843945	-202	-194
Y Patch	`CTTCTTCC`	+	15843924	15843931	-215	-208
Y Patch	`CTTCTTCTT`	+	15844007	15844015	-132	-124
Y Patch	`TCCTCTCTCAT`	+	15844152	15844162	13	23
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCGGTTAAA + 15843758 15843766 -381 -373

AtREG501 CCGGTTAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG645 CGGTTAAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

REG CCCACGTGGCAT + 15843816 15843827 -323 -312

AtREG464 CCCACGTG     ABA, Auxin, JA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG367   CACGTGGC   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC

AtREG379    ACGTGGCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG448     CGTGGCAT ABA, DREB1Aox PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

REG TCAAAACGC + 15843892 15843900 -247 -239

AtREG653 TCAAAACG PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG585 CAAAACGC PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif CAAAACGC

REG AACGACGTC + 15844045 15844053 -94 -86

AtREG493 AACGACGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG431 ACGACGTC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCGGTTAAA`		+	15843758	15843766	-381	-373
	AtREG501	`CCGGTTAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG645	`CGGTTAAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
REG	`CCCACGTGGCAT`		+	15843816	15843827	-323	-312
	AtREG464	`CCCACGTG`	ABA, Auxin, JA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
	AtREG367	`CACGTGGC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC`
	AtREG379	`ACGTGGCA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG448	`CGTGGCAT`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
REG	`TCAAAACGC`		+	15843892	15843900	-247	-239
	AtREG653	`TCAAAACG`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG585	`CAAAACGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif	`CAAAACGC`
REG	`AACGACGTC`		+	15844045	15844053	-94	-86
	AtREG493	`AACGACGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
	AtREG431	`ACGACGTC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None