PlantPromoterDB promoter information of AT5G39890

Summary of Gene (AT5G39890)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G39890 TAIR NCBI
Gene model	AT5G39890
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF1637 (InterPro:IPR012864); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT5G15120.1); Has 238 Blast hits to 238 proteins in 70 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 84; Fungi - 0; Plants - 129; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 25 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 15973543-15974742)

`Genome position from initiation codon` `AT5G39890.1 TSS from cDNA TSS information AT5G39890 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G39890

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 + 15974419 -124

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	+	15974419	-124

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 15974393 -150

TSS clone T clone + 15974394 -149

TSS clone C clone + 15974400 -143

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	15974393	-150
TSS clone	`T`	clone	+	15974394	-149
TSS clone	`C`	clone	+	15974400	-143

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTCTCCTC + 15974401 15974409 -142 -134

Y Patch CCCTCTTCTCTC + 15974434 15974445 -109 -98

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTCTCCTC`	+	15974401	15974409	-142	-134
Y Patch	`CCCTCTTCTCTC`	+	15974434	15974445	-109	-98
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCGTTGGA + 15974265 15974272 -278 -271

AtREG554 CCGTTGGA PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

REG AGCCCATA + 15974282 15974289 -261 -254

AtREG477 AGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCGTTGGA`		+	15974265	15974272	-278	-271
	AtREG554	`CCGTTGGA`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
REG	`AGCCCATA`		+	15974282	15974289	-261	-254
	AtREG477	`AGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None