PlantPromoterDB promoter information of AT5G40370.1

Summary of Gene (AT5G40370.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G40370 TAIR NCBI
Gene model	AT5G40370.1
Description	glutaredoxin, putative; FUNCTIONS IN: electron carrier activity, arsenate reductase (glutaredoxin) activity, protein disulfide oxidoreductase activity; INVOLVED IN: cell redox homeostasis; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 27 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Thioredoxin fold (InterPro:IPR012335), Glutaredoxin (InterPro:IPR002109), Glutaredoxin, eukaryotic and viruses (InterPro:IPR011899), Glutaredoxin subgroup (InterPro:IPR014025), Thioredoxin-like fold (InterPro:IPR012336); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: glutaredoxin, putative (TAIR:AT5G63030.1); Has 4824 Blast hits to 4814 proteins in 838 species: Archae - 0; Bacteria - 2010; Metazoa - 439; Fungi - 264; Plants - 472; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1639 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 16150052-16148853)

`Genome position from initiation codon` `AT5G40370.2 TSS from cDNA TSS information AT5G40370.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G40370.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 - 16149128 -76

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	-	16149128	-76

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 16149154 -102

TSS clone C clone - 16149132 -80

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	16149154	-102
TSS clone	`C`	clone	-	16149132	-80

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TTTATAAAGC - 16149156 16149165 -104 -113

Y Patch TCTTTCTCCTC - 16149109 16149119 -57 -67

Y Patch CTTCTCTT - 16149137 16149144 -85 -92

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TTTATAAAGC`	-	16149156	16149165	-104	-113
Y Patch	`TCTTTCTCCTC`	-	16149109	16149119	-57	-67
Y Patch	`CTTCTCTT`	-	16149137	16149144	-85	-92
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TCGGTTTAC - 16149187 16149195 -135 -143

AtREG514 TCGGTTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG519 CGGTTTAC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TTGACTTT - 16149200 16149207 -148 -155

AtREG632 TTGACTTT PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG CAAGGCCCAATAAAGCCCATTAA - 16149249 16149271 -197 -219

AtREG398 CAAGGCCC                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353 AAGGCCCA               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356   AGGCCCAA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352    GGCCCAAT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG355     GCCCAATA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG417      CCCAATAA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG601          ATAAAGCC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG365           TAAAGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376            AAAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378             AAGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372              AGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG357               GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396                CCCATTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TCGGTTTAC`		-	16149187	16149195	-135	-143
	AtREG514	`TCGGTTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG519	`CGGTTTAC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TTGACTTT`		-	16149200	16149207	-148	-155
	AtREG632	`TTGACTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`
REG	`CAAGGCCCAATAAAGCCCATTAA`		-	16149249	16149271	-197	-219
	AtREG398	`CAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG352	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG355	`GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG417	`CCCAATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG601	`ATAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG365	`TAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG372	`AGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG396	`CCCATTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None