PlantPromoterDB promoter information of AT5G40810.1

Summary of Gene (AT5G40810.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G40810 TAIR NCBI
Gene model	AT5G40810.1
Description	cytochrome c1, putative; FUNCTIONS IN: electron carrier activity, iron ion binding, heme binding, electron transporter, transferring electrons within CoQH2-cytochrome c reductase complex activity; LOCATED IN: mitochondrial respiratory chain, mitochondrion, vacuole, mitochondrial respiratory chain complex III, membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cytochrome c1 (InterPro:IPR002326), Cytochrome c, monohaem (InterPro:IPR009056); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cytochrome c1, putative (TAIR:AT3G27240.1); Has 2945 Blast hits to 2945 proteins in 515 species: Archae - 0; Bacteria - 722; Metazoa - 171; Fungi - 166; Plants - 63; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1823 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 16339200-16340399)

`Genome position from initiation codon` `AT5G40810.2 TSS from cDNA TSS information AT5G40810.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G40810.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 + 16339885 -315

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	+	16339885	-315

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 16339895 -305

TSS clone G clone + 16339899 -301

TSS clone G clone + 16339901 -299

TSS clone T clone + 16339905 -295

TSS clone T clone + 16339909 -291

TSS clone T clone + 16339925 -275

TSS clone T clone + 16339926 -274

TSS clone T clone + 16339966 -234

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	16339895	-305
TSS clone	`G`	clone	+	16339899	-301
TSS clone	`G`	clone	+	16339901	-299
TSS clone	`T`	clone	+	16339905	-295
TSS clone	`T`	clone	+	16339909	-291
TSS clone	`T`	clone	+	16339925	-275
TSS clone	`T`	clone	+	16339926	-274
TSS clone	`T`	clone	+	16339966	-234

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ATAGGCCCTTAATGGGCTTTTA + 16339795 16339816 -405 -384

AtREG362 ATAGGCCC               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG604        CTTAATGG        PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

AtREG396         TTAATGGG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357          TAATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372           AATGGGCT     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378            ATGGGCTT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376             TGGGCTTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG409              GGGCTTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG549               GGCTTTTA PPDB Motif PLACE Motif

REG ATTAGGCCCATG + 16339826 16339837 -374 -363

AtREG506 ATTAGGCC     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG360 TTAGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358   TAGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    AGGCCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG504     GGCCCATG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ATAGGCCCTTAATGGGCTTTTA`		+	16339795	16339816	-405	-384
	AtREG362	`ATAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG604	`CTTAATGG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG396	`TTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG409	`GGGCTTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG549	`GGCTTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATTAGGCCCATG`		+	16339826	16339837	-374	-363
	AtREG506	`ATTAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG360	`TTAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG358	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG504	`GGCCCATG`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None