PlantPromoterDB promoter information of AT5G40930.1

Summary of Gene (AT5G40930.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G40930 TAIR NCBI
Gene model	AT5G40930.1
Description	Form of TOM20, which is a component of the TOM complex involved in transport of nuclear-encoded mitochondrial proteins

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 16403523-16404722)

`Genome position from initiation codon` `AT5G40920.1 TSS from cDNA TSS information AT5G40930.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G40930.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 + 16404460 -63

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	+	16404460	-63

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 16404460 -63

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	16404460	-63

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CTTATATA + 16404427 16404434 -96 -89

Y Patch CGTCTTCC + 16404450 16404457 -73 -66

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CTTATATA`	+	16404427	16404434	-96	-89
Y Patch	`CGTCTTCC`	+	16404450	16404457	-73	-66
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TGTTGGGCTGA + 16404356 16404366 -167 -157

AtREG543 TGTTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif CAACA

AtREG574 GTTGGGCT   PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif TGGGCY

AtREG609    TGGGCTGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG AAAAGCCCATAAGGCCTTTTAAGCCCACT + 16404374 16404402 -149 -121

AtREG409 AAAAGCCC                      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376 AAAGCCCA                     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   AAGCCCAT                    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG477    AGCCCATA                   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG394     GCCCATAA                  PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG425         ATAAGGCC              PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG459             GGCCTTTT          PPDB Motif PLACE Motif

AtREG426                    TAAGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG518                     AAGCCCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG510                      AGCCCACT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TGTTGGGCTGA`		+	16404356	16404366	-167	-157
	AtREG543	`TGTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`CAACA`
	AtREG574	`GTTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG609	`TGGGCTGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`AAAAGCCCATAAGGCCTTTTAAGCCCACT`		+	16404374	16404402	-149	-121
	AtREG409	`AAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG477	`AGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG394	`GCCCATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG425	`ATAAGGCC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG459	`GGCCTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG426	`TAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG518	`AAGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG510	`AGCCCACT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None