version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G41060.2

Summary of Gene (AT5G41060.2)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G41060  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G41060.2  
Description zinc finger (DHHC type) family protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, DHHC-type (InterPro:IPR001594); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: zinc finger (DHHC type) family protein (TAIR:AT3G26935.1); Has 3985 Blast hits to 3975 proteins in 185 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1952; Fungi - 533; Plants - 408; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1092 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 16426799-16427998)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT5G41060.2                      5'->3' (+)
Promoter sequence




 
AT5G41020.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence




 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G41060.2

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakTclone+16435427-522
TSS clone peakCclone+16435438-511

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA4-16427772AT5G41020.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone-16427797AT5G41020.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGAGGGTATTT+1642782116427829AT5G41030.1
 AtREG567AGGGTATT  PPDB MotifACCCT  PLACE Motif 
 AtREG602 GGGTATTT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCTAGGCCCAAC+1642790816427918AT5G41030.1
 AtREG475CTAGGCCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG358 TAGGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356  AGGCCCAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG449   GGCCCAAC PPDB MotifGCCCA, CCAACGG  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
REGAAATACCCT-1642782116427829AT5G41020.1
 AtREG602AAATACCC  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG567 AATACCCT PPDB MotifACCCT  PLACE Motif 
REGGTTGGGCCTAG-1642790816427918AT5G41020.1
 AtREG449GTTGGGCC    PPDB MotifGCCCA, CCAACGG  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356 TTGGGCCT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG358  TGGGCCTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG475   GGGCCTAG PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.