PlantPromoterDB promoter information of AT5G41060.2

Summary of Gene (AT5G41060.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G41060 TAIR NCBI
Gene model	AT5G41060.2
Description	zinc finger (DHHC type) family protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, DHHC-type (InterPro:IPR001594); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: zinc finger (DHHC type) family protein (TAIR:AT3G26935.1); Has 3985 Blast hits to 3975 proteins in 185 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1952; Fungi - 533; Plants - 408; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1092 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 16426849-16428048)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G41060.2 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G41020.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G41060.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak T clone + 16435427 -522

TSS clone peak C clone + 16435438 -511

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`T`	clone	+	16435427	-522
TSS clone peak	`C`	clone	+	16435438	-511

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 4 - 16427772 AT5G41020.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	4	-	16427772	AT5G41020.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone - 16427797 AT5G41020.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	-	16427797	AT5G41020.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AGGGTATTT + 16427821 16427829 AT5G41030.1

AtREG567 AGGGTATT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

AtREG602 GGGTATTT PPDB Motif PLACE Motif

REG CTAGGCCCAAC + 16427908 16427918 AT5G41030.1

AtREG475 CTAGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358 TAGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356   AGGCCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG449    GGCCCAAC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG AAATACCCT - 16427821 16427829 AT5G41020.1

AtREG602 AAATACCC PPDB Motif PLACE Motif

AtREG567 AATACCCT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

REG GTTGGGCCTAG - 16427908 16427918 AT5G41020.1

AtREG449 GTTGGGCC    PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356 TTGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358   TGGGCCTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG475    GGGCCTAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC