PlantPromoterDB promoter information of AT5G41100.2

Summary of Gene (AT5G41100.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G41100 TAIR NCBI
Gene model	AT5G41100.2
Description	FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: hydroxyproline-rich glycoprotein family protein (TAIR:AT3G26910.2); Has 1264 Blast hits to 964 proteins in 165 species: Archae - 2; Bacteria - 75; Metazoa - 445; Fungi - 228; Plants - 134; Viruses - 35; Other Eukaryotes - 345 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 16441579-16442778)

`Genome position from initiation codon` `AT5G41080.1 AT5G41080.2 TSS from cDNA TSS information AT5G41100.2 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G41100.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone + 16447223 -206

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	16447223	-206

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 15 + 16441795 AT5G41080.1, AT5G41080.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	15	+	16441795	AT5G41080.1, AT5G41080.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone + 16441744 AT5G41080.1, AT5G41080.2

TSS clone C clone + 16441794 AT5G41080.1, AT5G41080.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	+	16441744	AT5G41080.1, AT5G41080.2
TSS clone	`C`	clone	+	16441794	AT5G41080.1, AT5G41080.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CAATATAAATA + 16441756 16441766 AT5G41080.1, AT5G41080.2

Y Patch CTCTCTCTTCTCT + 16441826 16441838 AT5G41080.1, AT5G41080.2

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CAATATAAATA`	+	16441756	16441766	AT5G41080.1, AT5G41080.2
Y Patch	`CTCTCTCTTCTCT`	+	16441826	16441838	AT5G41080.1, AT5G41080.2
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG ATGCCACGTA + 16441595 16441604 AT5G41080.1, AT5G41080.2

AtREG448 ATGCCACG   ABA, DREB1Aox PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

AtREG379 TGCCACGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG413   GCCACGTA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

REG GCTGACGTGGAA + 16441683 16441694 AT5G41080.1, AT5G41080.2

AtREG515 GCTGACGT     SA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG440 CTGACGTG    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG419   TGACGTGG   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA

AtREG627     ACGTGGAA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG