version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G41950.1

Summary of Gene (AT5G41950.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G41950  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G41950.1  
Description binding; FUNCTIONS IN: binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tetratricopeptide-like helical (InterPro:IPR011990); Has 4082 Blast hits to 2807 proteins in 401 species: Archae - 36; Bacteria - 931; Metazoa - 1006; Fungi - 261; Plants - 81; Viruses - 23; Other Eukaryotes - 1744 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 16780975-16782174)

Genome position     
from initiation codon
AT5G41920.1         
AT5G41940.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT5G41950.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence







 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G41950.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG8+16785775-50

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone+16785687-138
TSS cloneTclone+16785701-124
TSS cloneAclone+16785724-101
TSS cloneCclone+16785725-100
TSS cloneAclone+16785731-94
TSS cloneGclone+16785757-68
TSS cloneAclone+16785770-55
TSS cloneTclone+16785772-53
TSS cloneTclone+16785776-49
TSS cloneGclone+16785782-43

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTCTTCTTC+1678573216785741-93-84
Y PatchTCTTCTTCCTCT+1678574316785754-82-71
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTAAAACGC+1678554616785553-279-272
 AtREG564TAAAACGC PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
REGTTGACTTT+1678563516785642-190-183
 AtREG632TTGACTTT PPDB Motif  PLACE MotifTTGAC 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA15+16781968AT5G41940.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneGclone+16781976AT5G41940.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGAAGGCCCATTAA+1678188716781898AT5G41940.1
 AtREG353AAGGCCCA     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG354 AGGCCCAT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG361  GGCCCATT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG357   GCCCATTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG396    CCCATTAA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTTAATGG 
REGTGGGCCCAATT+1678190416781914AT5G41940.1
 AtREG422TGGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG392 GGGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG352  GGCCCAAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG418   GCCCAATT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTAAACGAC+1678191916781926AT5G41940.1
 AtREG565TAAACGAC PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.