PlantPromoterDB promoter information of AT5G41950.1

Summary of Gene (AT5G41950.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G41950 TAIR NCBI
Gene model	AT5G41950.1
Description	binding; FUNCTIONS IN: binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tetratricopeptide-like helical (InterPro:IPR011990); Has 4082 Blast hits to 2807 proteins in 401 species: Archae - 36; Bacteria - 931; Metazoa - 1006; Fungi - 261; Plants - 81; Viruses - 23; Other Eukaryotes - 1744 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 16781775-16782974)

`Genome position from initiation codon` `AT5G41940.1 TSS from cDNA TSS information AT5G41950.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G41950.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 8 + 16785775 -50

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	8	+	16785775	-50

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 16785687 -138

TSS clone T clone + 16785701 -124

TSS clone A clone + 16785724 -101

TSS clone C clone + 16785725 -100

TSS clone A clone + 16785731 -94

TSS clone G clone + 16785757 -68

TSS clone A clone + 16785770 -55

TSS clone T clone + 16785772 -53

TSS clone T clone + 16785776 -49

TSS clone G clone + 16785782 -43

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	16785687	-138
TSS clone	`T`	clone	+	16785701	-124
TSS clone	`A`	clone	+	16785724	-101
TSS clone	`C`	clone	+	16785725	-100
TSS clone	`A`	clone	+	16785731	-94
TSS clone	`G`	clone	+	16785757	-68
TSS clone	`A`	clone	+	16785770	-55
TSS clone	`T`	clone	+	16785772	-53
TSS clone	`T`	clone	+	16785776	-49
TSS clone	`G`	clone	+	16785782	-43

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTTCTTC + 16785732 16785741 -93 -84

Y Patch TCTTCTTCCTCT + 16785743 16785754 -82 -71

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTTCTTC`	+	16785732	16785741	-93	-84
Y Patch	`TCTTCTTCCTCT`	+	16785743	16785754	-82	-71
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAAAACGC + 16785546 16785553 -279 -272

AtREG564 TAAAACGC PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG TTGACTTT + 16785635 16785642 -190 -183

AtREG632 TTGACTTT PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAAAACGC`		+	16785546	16785553	-279	-272
	AtREG564	`TAAAACGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`TTGACTTT`		+	16785635	16785642	-190	-183
	AtREG632	`TTGACTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 15 + 16781968 AT5G41940.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	15	+	16781968	AT5G41940.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone + 16781976 AT5G41940.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	+	16781976	AT5G41940.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AAGGCCCATTAA + 16781887 16781898 AT5G41940.1

AtREG353 AAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354 AGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361   GGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG357    GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396     CCCATTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

REG TGGGCCCAATT + 16781904 16781914 AT5G41940.1

AtREG422 TGGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG392 GGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352   GGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG418    GCCCAATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TAAACGAC + 16781919 16781926 AT5G41940.1

AtREG565 TAAACGAC PPDB Motif PLACE Motif