version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G41950.1

Summary of Gene (AT5G41950.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G41950  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G41950.1  
Description binding; FUNCTIONS IN: binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tetratricopeptide-like helical (InterPro:IPR011990); Has 4082 Blast hits to 2807 proteins in 401 species: Archae - 36; Bacteria - 931; Metazoa - 1006; Fungi - 261; Plants - 81; Viruses - 23; Other Eukaryotes - 1744 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 16789275-16790474)

Genome position     
from initiation codon
AT5G41960.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT5G41950.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence









 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G41950.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG8+16785775-50

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone+16785687-138
TSS cloneTclone+16785701-124
TSS cloneAclone+16785724-101
TSS cloneCclone+16785725-100
TSS cloneAclone+16785731-94
TSS cloneGclone+16785757-68
TSS cloneAclone+16785770-55
TSS cloneTclone+16785772-53
TSS cloneTclone+16785776-49
TSS cloneGclone+16785782-43

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTCTTCTTC+1678573216785741-93-84
Y PatchTCTTCTTCCTCT+1678574316785754-82-71
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTAAAACGC+1678554616785553-279-272
 AtREG564TAAAACGC PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
REGTTGACTTT+1678563516785642-190-183
 AtREG632TTGACTTT PPDB Motif  PLACE MotifTTGAC 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA2+16789730AT5G41960.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCCTCTCTC+1678968616789693AT5G41960.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTGGGACCC+1678946016789467AT5G41960.1
 AtREG596TGGGACCC PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
REGTGTTGGGCTAATGGGCTTAT+1678963116789650AT5G41960.1
 AtREG543TGTTGGGC             PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifCAACA 
 AtREG574 GTTGGGCT            PPDB MotifGCCCA, CCAACGG  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG571   TGGGCTAA          PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG558       CTAATGGG      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG357        TAATGGGC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG372         AATGGGCT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378          ATGGGCTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG426           TGGGCTTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG462            GGGCTTAT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGGCTTTAACGGCCCATTAA+1678966016789678AT5G41960.1
 AtREG545GGCTTTAA            PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG610   TTTAACGG         PPDB Motif  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
 AtREG377      AACGGCCC      PPDB MotifGCCCA, AAACG(C/G)  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG368       ACGGCCCA     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG380        CGGCCCAT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG361         GGCCCATT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG357          GCCCATTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG396           CCCATTAA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTTAATGG 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.