PlantPromoterDB promoter information of AT5G41970.1

Summary of Gene (AT5G41970.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G41970 TAIR NCBI
Gene model	AT5G41970.1
Description	FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: mitochondrion; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Metal-dependent protein hydrolase (InterPro:IPR003226); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT3G49320.1); Has 464 Blast hits to 461 proteins in 209 species: Archae - 0; Bacteria - 122; Metazoa - 131; Fungi - 87; Plants - 29; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 95 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 16790198-16791397)

`Genome position from initiation codon` `AT5G41960.1 TSS from cDNA TSS information AT5G41970.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G41970.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 + 16791182 -16

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	+	16791182	-16

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 16791183 -15

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	16791183	-15

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CATATAAATA + 16791146 16791155 -52 -43

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CATATAAATA`	+	16791146	16791155	-52	-43
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ATTGCCAC + 16790944 16790951 -254 -247

AtREG654 ATTGCCAC PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

REG TTAAGGCCCATGGGCCTTTA + 16791115 16791134 -83 -64

AtREG416 TTAAGGCC             PPDB Motif PLACE Motif

AtREG351 TAAGGCCC            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353   AAGGCCCATGGGCCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    AGGCCCATGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG591       CCCATGGG       PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

AtREG507      GCCCATGGGC      PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

AtREG504     GGCCCATGGGCC     PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG359            GGGCCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG467             GGCCTTTA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ATTGCCAC`		+	16790944	16790951	-254	-247
	AtREG654	`ATTGCCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
REG	`TTAAGGCCCATGGGCCTTTA`		+	16791115	16791134	-83	-64
	AtREG416	`TTAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG351	`TAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCATGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG591	`CCCATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	AtREG507	`GCCCATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	AtREG504	`GGCCCATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG359	`GGGCCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG467	`GGCCTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None