version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G41990.1

Summary of Gene (AT5G41990.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G41990  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G41990.1  
Description Encodes a member of the WNK family (9 members in all) of protein kinases, the structural design of which is clearly distinct from those of other known protein kinases, such as receptor-like kinases and mitogen-activated protein kinases. Interacts specifically with and phosphorylates AtVHA-C, subunit C of the vacuolar H+-ATPase.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 16815662-16814463)

Genome position     
from initiation codon
AT5G42040.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT5G41990.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence



 
AT5G42050.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence


 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G41990.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA8-16798000-438
TSS peakA8-16797820-258

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-16798026-464
TSS cloneTclone-16798004-442
TSS cloneTclone-16797999-437

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTTTCTCC-1679801316798020-451-458
Y PatchTTCTTCCT-1679802816798035-466-473
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTTGACTTT-1679807116798078-509-516
 AtREG632TTGACTTT PPDB Motif  PLACE MotifTTGAC 
REGGGCCTAAA-1679817216798179-610-617
 AtREG430GGCCTAAA PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG13+16815556AT5G42050.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone+16815465AT5G42050.1
TSS cloneCclone+16815466AT5G42050.1
TSS cloneAclone+16815489AT5G42050.1
TSS cloneTclone+16815490AT5G42050.1
TSS cloneTclone+16815520AT5G42050.1
TSS cloneCclone+16815521AT5G42050.1
TSS cloneCclone+16815524AT5G42050.1
TSS cloneCclone+16815557AT5G42050.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxTTTATAAAAT-1681527916815288AT5G42040.1
Y PatchTTTCTCTCC+1681551416815522AT5G42050.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.