version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G41992.1

Summary of Gene (AT5G41992.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G41992  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G41992.1  
Description Upstream open reading frames (uORFs) are small open reading frames found in the 5' UTR of a mature mRNA, and can potentially mediate translational regulation of the largest, or major, ORF (mORF). CPuORF58 represents a conserved upstream opening reading frame relative to major ORF AT5G41990.1  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 16786807-16785608)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT5G41992.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AT5G41950.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence








 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G41992.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA8-16798000-93

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-16798026-119
TSS cloneTclone-16798004-97
TSS cloneTclone-16797999-92

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTTTCTCC-1679801316798020-106-113
Y PatchTTCTTCCT-1679802816798035-121-128
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTTGACTTT-1679807116798078-164-171
 AtREG632TTGACTTT PPDB Motif  PLACE MotifTTGAC 
REGGGCCTAAA-1679817216798179-265-272
 AtREG430GGCCTAAA PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG8+16785775AT5G41950.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone+16785687AT5G41950.1
TSS cloneTclone+16785701AT5G41950.1
TSS cloneAclone+16785724AT5G41950.1
TSS cloneCclone+16785725AT5G41950.1
TSS cloneAclone+16785731AT5G41950.1
TSS cloneGclone+16785757AT5G41950.1
TSS cloneAclone+16785770AT5G41950.1
TSS cloneTclone+16785772AT5G41950.1
TSS cloneTclone+16785776AT5G41950.1
TSS cloneGclone+16785782AT5G41950.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTCTTCTTC+1678573216785741AT5G41950.1
Y PatchTCTTCTTCCTCT+1678574316785754AT5G41950.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTTGACTTT+1678563516785642AT5G41950.1
 AtREG632TTGACTTT PPDB Motif  PLACE MotifTTGAC 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.