version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G41992.1

Summary of Gene (AT5G41992.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G41992  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G41992.1  
Description Upstream open reading frames (uORFs) are small open reading frames found in the 5' UTR of a mature mRNA, and can potentially mediate translational regulation of the largest, or major, ORF (mORF). CPuORF58 represents a conserved upstream opening reading frame relative to major ORF AT5G41990.1  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 16790057-16788858)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT5G41992.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AT5G41950.1         
AT5G41960.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence









 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G41992.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA8-16798000-93

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-16798026-119
TSS cloneTclone-16798004-97
TSS cloneTclone-16797999-92

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTTTCTCC-1679801316798020-106-113
Y PatchTTCTTCCT-1679802816798035-121-128
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTTGACTTT-1679807116798078-164-171
 AtREG632TTGACTTT PPDB Motif  PLACE MotifTTGAC 
REGGGCCTAAA-1679817216798179-265-272
 AtREG430GGCCTAAA PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA2+16789730AT5G41960.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCCTCTCTC+1678968616789693AT5G41960.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTGGGACCC+1678946016789467AT5G41960.1
 AtREG596TGGGACCC PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
REGTGTTGGGCTAATGGGCTTAT+1678963116789650AT5G41960.1
 AtREG543TGTTGGGC             PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifCAACA 
 AtREG574 GTTGGGCT            PPDB MotifGCCCA, CCAACGG  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG571   TGGGCTAA          PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG558       CTAATGGG      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG357        TAATGGGC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG372         AATGGGCT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378          ATGGGCTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG426           TGGGCTTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG462            GGGCTTAT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGGCTTTAACGGCCCATTAA+1678966016789678AT5G41960.1
 AtREG545GGCTTTAA            PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG610   TTTAACGG         PPDB Motif  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
 AtREG377      AACGGCCC      PPDB MotifGCCCA, AAACG(C/G)  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG368       ACGGCCCA     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG380        CGGCCCAT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG361         GGCCCATT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG357          GCCCATTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG396           CCCATTAA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTTAATGG 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.