PlantPromoterDB promoter information of AT5G41992.1

Summary of Gene (AT5G41992.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G41992 TAIR NCBI
Gene model	AT5G41992.1
Description	Upstream open reading frames (uORFs) are small open reading frames found in the 5' UTR of a mature mRNA, and can potentially mediate translational regulation of the largest, or major, ORF (mORF). CPuORF58 represents a conserved upstream opening reading frame relative to major ORF AT5G41990.1

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 16791307-16790108)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G41992.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT5G41960.1 AT5G41970.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G41992.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 - 16798000 -93

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	-	16798000	-93

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 16798026 -119

TSS clone T clone - 16798004 -97

TSS clone T clone - 16797999 -92

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	16798026	-119
TSS clone	`T`	clone	-	16798004	-97
TSS clone	`T`	clone	-	16797999	-92

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTTCTCC - 16798013 16798020 -106 -113

Y Patch TTCTTCCT - 16798028 16798035 -121 -128

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTTCTCC`	-	16798013	16798020	-106	-113
Y Patch	`TTCTTCCT`	-	16798028	16798035	-121	-128
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTGACTTT - 16798071 16798078 -164 -171

AtREG632 TTGACTTT PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG GGCCTAAA - 16798172 16798179 -265 -272

AtREG430 GGCCTAAA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTGACTTT`		-	16798071	16798078	-164	-171
	AtREG632	`TTGACTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`
REG	`GGCCTAAA`		-	16798172	16798179	-265	-272
	AtREG430	`GGCCTAAA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 13 + 16791182 AT5G41970.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	13	+	16791182	AT5G41970.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone + 16791183 AT5G41970.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	+	16791183	AT5G41970.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CATATAAATA + 16791146 16791155 AT5G41970.1

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CATATAAATA`	+	16791146	16791155	AT5G41970.1
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG ATTGCCAC + 16790944 16790951 AT5G41970.1

AtREG654 ATTGCCAC PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

REG TTAAGGCCCATGGGCCTTTA + 16791115 16791134 AT5G41970.1

AtREG416 TTAAGGCC             PPDB Motif PLACE Motif

AtREG351 TAAGGCCC            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353   AAGGCCCATGGGCCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    AGGCCCATGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG591       CCCATGGG       PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

AtREG507      GCCCATGGGC      PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

AtREG504     GGCCCATGGGCC     PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG359            GGGCCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG467             GGCCTTTA PPDB Motif PLACE Motif