version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G41992.1

Summary of Gene (AT5G41992.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G41992  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G41992.1  
Description Upstream open reading frames (uORFs) are small open reading frames found in the 5' UTR of a mature mRNA, and can potentially mediate translational regulation of the largest, or major, ORF (mORF). CPuORF58 represents a conserved upstream opening reading frame relative to major ORF AT5G41990.1  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 16799357-16798158)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT5G41992.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AT5G42000.1         
AT5G42000.2         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence








 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G41992.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA8-16798000-93

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-16798026-119
TSS cloneTclone-16798004-97
TSS cloneTclone-16797999-92

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTTTCTCC-1679801316798020-106-113
Y PatchTTCTTCCT-1679802816798035-121-128
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTTGACTTT-1679807116798078-164-171
 AtREG632TTGACTTT PPDB Motif  PLACE MotifTTGAC 
REGGGCCTAAA-1679817216798179-265-272
 AtREG430GGCCTAAA PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG4+16799316AT5G42000.1, AT5G42000.2

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCGGGTCGGGTCGGAAAACCGGT+1679910016799121AT5G42000.1, AT5G42000.2
 AtREG375CGGGTCGGGTCGG          PPDB MotifCCGAC  PLACE MotifCCGAC 
 AtREG442 GGGTCGGG              PPDB MotifCCGAC  PLACE MotifCCGAC 
 AtREG405  GGTCGGGT             PPDB MotifCCGAC  PLACE MotifCCGAC 
 AtREG390   GTCGGGTC            PPDB MotifCCGAC, GGGACCC  PLACE MotifCCGAC 
 AtREG383    TCGGGTCG           PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG542             AAAACCGG  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG436              AAACCGGT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTAATGGGCCTCT+1679913016799141AT5G42000.1, AT5G42000.2
 AtREG357TAATGGGC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG361 AATGGGCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG354  ATGGGCCT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG447   TGGGCCTC  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG411    GGGCCTCT PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.