version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G42000.1

Summary of Gene (AT5G42000.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G42000  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G42000.1  
Description ORMDL family protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: protein folding; LOCATED IN: integral to membrane, endoplasmic reticulum; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ORMDL (InterPro:IPR007203); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ORMDL family protein (TAIR:AT1G01230.1); Has 398 Blast hits to 398 proteins in 109 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 233; Fungi - 101; Plants - 52; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 12 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 16793155-16794354)

Genome position     
from initiation codon
AT5G41970.1         
AT5G41980.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT5G42000.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence

 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G42000.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG4+16799316-139

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCGGGTCGGGTCGGAAAACCGGT+1679910016799121-355-334
 AtREG375CGGGTCGGGTCGG          PPDB MotifCCGAC  PLACE MotifCCGAC 
 AtREG442 GGGTCGGG              PPDB MotifCCGAC  PLACE MotifCCGAC 
 AtREG405  GGTCGGGT             PPDB MotifCCGAC  PLACE MotifCCGAC 
 AtREG390   GTCGGGTC            PPDB MotifCCGAC, GGGACCC  PLACE MotifCCGAC 
 AtREG383    TCGGGTCG           PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG542             AAAACCGG  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG436              AAACCGGT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTAATGGGCCTCT+1679913016799141-325-314
 AtREG357TAATGGGC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG361 AATGGGCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG354  ATGGGCCT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG447   TGGGCCTC  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG411    GGGCCTCT PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakGclone+16793614AT5G41980.1
TSS clone peakTclone+16793615AT5G41980.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.