version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G42030.1

Summary of Gene (AT5G42030.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G42030  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G42030.1  
Description ABL INTERACTOR-LIKE PROTEIN 4 (ABIL4); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ABIL3 (ABL INTERACTOR-LIKE PROTEIN 3) (TAIR:AT5G24310.1); Has 101 Blast hits to 101 proteins in 8 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 101; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 16811237-16810038)

Genome position     
from initiation codon
AT5G42020.1         
AT5G42020.2         
TSS from cDNA
TSS information
AT5G42030.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence




 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G42030.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG8-16813142-55

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone-16813182-95
TSS cloneTclone-16813095-8
TSS cloneTclone-16813090-3

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTTCTTCTCTCTCTTTC-1681310116813118-14-31
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG10-16810595AT5G42020.1, AT5G42020.2

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneCclone-16810590AT5G42020.1, AT5G42020.2
TSS cloneTclone-16810589AT5G42020.1, AT5G42020.2
TSS cloneGclone-16810587AT5G42020.1, AT5G42020.2
TSS cloneAclone-16810577AT5G42020.1, AT5G42020.2
TSS cloneCclone-16810545AT5G42020.1, AT5G42020.2
TSS cloneGclone-16810542AT5G42020.1, AT5G42020.2
TSS cloneAclone-16810541AT5G42020.1, AT5G42020.2

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTTCTTCTTC-1681055816810567AT5G42020.1, AT5G42020.2
Y PatchCGTCTTCC-1681062616810633AT5G42020.1, AT5G42020.2
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGTCCACGTCATC-1681065816810669AT5G42020.1, AT5G42020.2
 AtREG513GTCCACGT    ABA, DREB1Aox PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG419  CCACGTCA   PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA 
 AtREG483   CACGTCAT  PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG578    ACGTCATCABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
REGTGGCCCAACA-1681078116810790AT5G42020.1, AT5G42020.2
 AtREG420TGGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG449 GGCCCAAC  PPDB MotifGCCCA, CCAACGG  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG543  GCCCAACA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifCAACA 
REGTTCCGGTTC-1681082416810832AT5G42020.1, AT5G42020.2
 AtREG534TTCCGGTT  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG579 TCCGGTTC PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGAGTCGGTT-1681084016810847AT5G42020.1, AT5G42020.2
 AtREG641AGTCGGTT PPDB MotifAACCG(G/A), CCGAC  PLACE MotifCCGAC, RCCGAC 
REGTTCGGGTCA-1681085416810862AT5G42020.1, AT5G42020.2
 AtREG597TTCGGGTC  PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
 AtREG617 TCGGGTCA PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.