version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G42380.1

Summary of Gene (AT5G42380.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G42380  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G42380.1  
Description CALMODULIN LIKE 37 (CML37); FUNCTIONS IN: calcium ion binding; INVOLVED IN: response to ozone; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 12 plant structures; EXPRESSED DURING: 8 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: EF-HAND 1 (InterPro:IPR018247), EF-HAND 2 (InterPro:IPR018249), EF-Hand type (InterPro:IPR011992), Calcium-binding EF-hand (InterPro:IPR002048), EF hand (InterPro:IPR018248); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: calmodulin-related protein, putative (TAIR:AT1G76640.1); Has 13184 Blast hits to 10239 proteins in 1127 species: Archae - 0; Bacteria - 39; Metazoa - 6469; Fungi - 2027; Plants - 2539; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 2108 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 16945615-16944416)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT5G42380.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AT5G42390.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence





 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G42380.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG13-16943366-51

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneGclone-16943366-51
TSS cloneTclone-16943363-48

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxCATCTATATATAAT-1694339016943403-75-88
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTTTAACCG-1694344916943456-134-141
 AtREG645TTTAACCG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA2+16945251AT5G42390.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone+16945251AT5G42390.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTCCCTCTTCTT+1694522416945235AT5G42390.1
Y PatchCGTCTCTCTTTTTCTCCTCC+1694526016945279AT5G42390.1
Y PatchCCTCTCCT+1694528116945288AT5G42390.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGACCGGTTAAA+1694502016945029AT5G42390.1
 AtREG503ACCGGTTA   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
 AtREG501 CCGGTTAA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
 AtREG645  CGGTTAAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.