PlantPromoterDB promoter information of AT5G42520.2

Summary of Gene (AT5G42520.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G42520 TAIR NCBI
Gene model	AT5G42520.2
Description	ATBPC6; FUNCTIONS IN: transcription factor activity, DNA binding; INVOLVED IN: regulation of transcription, DNA-dependent; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: GAGA binding-like (InterPro:IPR010409); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: BPC4 (BASIC PENTACYSTEINE 4); DNA binding / transcription factor (TAIR:AT2G21240.2); Has 191 Blast hits to 159 proteins in 21 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 45; Fungi - 0; Plants - 127; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 16 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 17006637-17007836)

`Genome position from initiation codon` `AT5G42540.1 TSS from cDNA TSS information AT5G42520.2 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G42520.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 + 17000406 -881

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	+	17000406	-881

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 17000290 -997

TSS clone A clone + 17000293 -994

TSS clone A clone + 17000324 -963

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	17000290	-997
TSS clone	`A`	clone	+	17000293	-994
TSS clone	`A`	clone	+	17000324	-963

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTCTC + 17000382 17000389 -905 -898

Y Patch TTCTCTCTCT + 17000407 17000416 -880 -871

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTCTC`	+	17000382	17000389	-905	-898
Y Patch	`TTCTCTCTCT`	+	17000407	17000416	-880	-871
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 8 + 17007437 AT5G42540.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	8	+	17007437	AT5G42540.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone + 17007414 AT5G42540.1

TSS clone G clone + 17007433 AT5G42540.1

TSS clone T clone + 17007438 AT5G42540.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	+	17007414	AT5G42540.1
TSS clone	`G`	clone	+	17007433	AT5G42540.1
TSS clone	`T`	clone	+	17007438	AT5G42540.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TCTAGGGT + 17007230 17007237 AT5G42540.1

AtREG658 TCTAGGGT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

REG ATCCGGTTCG + 17007343 17007352 AT5G42540.1

AtREG561 ATCCGGTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG579 TCCGGTTC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG423 CCGGTTCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif