PlantPromoterDB promoter information of AT5G42540.1

Summary of Gene (AT5G42540.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G42540 TAIR NCBI
Gene model	AT5G42540.1
Description	Encodes a protein with similarity to yeast 5'-3'exonucleases and can functionally complement the yeast mutations. In Arabidopsis XRN2 acts as a suppressor of posttranscriptional gene silencing.

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 16999713-17000912)

`Genome position from initiation codon` `AT5G42520.1 AT5G42520.2 AT5G42520.3 TSS from cDNA TSS information AT5G42540.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G42540.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 8 + 17007437 -76

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	8	+	17007437	-76

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 17007414 -99

TSS clone G clone + 17007433 -80

TSS clone T clone + 17007438 -75

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	17007414	-99
TSS clone	`G`	clone	+	17007433	-80
TSS clone	`T`	clone	+	17007438	-75

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TCTAGGGT + 17007230 17007237 -283 -276

AtREG658 TCTAGGGT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

REG ATCCGGTTCG + 17007343 17007352 -170 -161

AtREG561 ATCCGGTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG579 TCCGGTTC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG423 CCGGTTCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TCTAGGGT`		+	17007230	17007237	-283	-276
	AtREG658	`TCTAGGGT`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif
REG	`ATCCGGTTCG`		+	17007343	17007352	-170	-161
	AtREG561	`ATCCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG579	`TCCGGTTC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG423	`CCGGTTCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 4 + 17000406 AT5G42520.1, AT5G42520.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	4	+	17000406	AT5G42520.1, AT5G42520.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 17000290 AT5G42520.1, AT5G42520.2

TSS clone A clone + 17000293 AT5G42520.1, AT5G42520.2

TSS clone A clone + 17000324 AT5G42520.1, AT5G42520.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	17000290	AT5G42520.1, AT5G42520.2
TSS clone	`A`	clone	+	17000293	AT5G42520.1, AT5G42520.2
TSS clone	`A`	clone	+	17000324	AT5G42520.1, AT5G42520.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTCTC + 17000382 17000389 AT5G42520.1, AT5G42520.2

Y Patch TTCTCTCTCT + 17000407 17000416 AT5G42520.1, AT5G42520.2

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTCTC`	+	17000382	17000389	AT5G42520.1, AT5G42520.2
Y Patch	`TTCTCTCTCT`	+	17000407	17000416	AT5G42520.1, AT5G42520.2
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None