PlantPromoterDB promoter information of AT5G43060

Summary of Gene (AT5G43060)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G43060 TAIR NCBI
Gene model	AT5G43060
Description	cysteine proteinase, putative / thiol protease, putative; FUNCTIONS IN: cysteine-type peptidase activity, cysteine-type endopeptidase activity; INVOLVED IN: response to salt stress; LOCATED IN: vacuole; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase C1A, papain (InterPro:IPR013128), Proteinase inhibitor I29, cathepsin propeptide (InterPro:IPR013201), Granulin (InterPro:IPR000118), Peptidase C1A, papain C-terminal (InterPro:IPR000668), Peptidase, cysteine peptidase active site (InterPro:IPR000169); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RD21 (responsive to dehydration 21); cysteine-type endopeptidase/ cysteine-type peptidase (TAIR:AT1G47128.1); Has 7000 Blast hits to 6290 proteins in 593 species: Archae - 25; Bacteria - 79; Metazoa - 3655; Fungi - 4; Plants - 1235; Viruses - 122; Other Eukaryotes - 1880 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 17273117-17271918)

`Genome position from initiation codon` `AT5G43060.1 TSS from cDNA TSS information AT5G43060 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G43060

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 30 - 17272160 -43

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	30	-	17272160	-43

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 17272166 -49

TSS clone G clone - 17272164 -47

TSS clone A clone - 17272160 -43

TSS clone A clone - 17272159 -42

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	17272166	-49
TSS clone	`G`	clone	-	17272164	-47
TSS clone	`A`	clone	-	17272160	-43
TSS clone	`A`	clone	-	17272159	-42

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CCTTTATATACAC - 17272185 17272197 -68 -80

Y Patch TCTTCTTCTTCTTC - 17272127 17272140 -10 -23

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CCTTTATATACAC`	-	17272185	17272197	-68	-80
Y Patch	`TCTTCTTCTTCTTC`	-	17272127	17272140	-10	-23
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAGCCCATTAA - 17272284 17272294 -167 -177

AtREG581 TAGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372 AGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG357   GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396    CCCATTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

REG CACCCCAC - 17272345 17272352 -228 -235

AtREG618 CACCCCAC PPDB Motif PLACE Motif

REG GGCTTTAA - 17272394 17272401 -277 -284

AtREG545 GGCTTTAA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAGCCCATTAA`		-	17272284	17272294	-167	-177
	AtREG581	`TAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG372	`AGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG396	`CCCATTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
REG	`CACCCCAC`		-	17272345	17272352	-228	-235
	AtREG618	`CACCCCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GGCTTTAA`		-	17272394	17272401	-277	-284
	AtREG545	`GGCTTTAA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None