PlantPromoterDB promoter information of AT5G43970.1

Summary of Gene (AT5G43970.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G43970 TAIR NCBI
Gene model	AT5G43970.1
Description	Subunit of the TOM complex, a translocase in the outer mitochondrial membrane that selectively allows proteins with a mitochondrial targeting sequence to enter the mitochondrion.

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 17691888-17693087)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G43970.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G43960.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G43970.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 26 + 17692828 -60

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	26	+	17692828	-60

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 17692808 -80

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	17692808	-80

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAATTGGGCTTTTATGGCCCAAT + 17692703 17692725 -185 -163

AtREG600 TAATTGGG                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG418 AATTGGGC               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG402   ATTGGGCT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407    TTGGGCTT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376     TGGGCTTT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG409      GGGCTTTT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG549       GGCTTTTA          PPDB Motif PLACE Motif

AtREG479             TATGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG437              ATGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG420               TGGCCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352                GGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG ATGGCCCAAAT + 17692755 17692765 -133 -123

AtREG437 ATGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG420 TGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG373   GGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG421    GCCCAAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAATTGGGCTTTTATGGCCCAAT`		+	17692703	17692725	-185	-163
	AtREG600	`TAATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG418	`AATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG402	`ATTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`TTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG409	`GGGCTTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG549	`GGCTTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG479	`TATGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG437	`ATGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG420	`TGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG352	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`ATGGCCCAAAT`		+	17692755	17692765	-133	-123
	AtREG437	`ATGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG420	`TGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG373	`GGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG421	`GCCCAAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 4 - 17691925 AT5G43960.2, AT5G43960.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	4	-	17691925	AT5G43960.2, AT5G43960.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone - 17691939 AT5G43960.2, AT5G43960.1

TSS clone T clone - 17691892 AT5G43960.2, AT5G43960.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	-	17691939	AT5G43960.2, AT5G43960.1
TSS clone	`T`	clone	-	17691892	AT5G43960.2, AT5G43960.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTTCTTC - 17691881 17691888 AT5G43960.1, AT5G43960.2

Y Patch TCTCTCTCTC - 17691914 17691923 AT5G43960.1, AT5G43960.2

Y Patch CCTCCTCTT - 17691967 17691975 AT5G43960.1, AT5G43960.2

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTTCTTC`	-	17691881	17691888	AT5G43960.1, AT5G43960.2
Y Patch	`TCTCTCTCTC`	-	17691914	17691923	AT5G43960.1, AT5G43960.2
Y Patch	`CCTCCTCTT`	-	17691967	17691975	AT5G43960.1, AT5G43960.2
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None