PlantPromoterDB promoter information of AT5G44440.1

Summary of Gene (AT5G44440.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G44440 TAIR NCBI
Gene model	AT5G44440.1
Description	FAD-binding domain-containing protein; FUNCTIONS IN: electron carrier activity, oxidoreductase activity, FAD binding, catalytic activity; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: embryo, petal, sepal, flower, pedicel; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, C globular stage, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: FAD-binding, type 2 (InterPro:IPR016166), Berberine/berberine-like (InterPro:IPR012951), FAD linked oxidase, N-terminal (InterPro:IPR006094); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: FAD-binding domain-containing protein (TAIR:AT5G44410.1); Has 3215 Blast hits to 3107 proteins in 522 species: Archae - 13; Bacteria - 1477; Metazoa - 1; Fungi - 1131; Plants - 356; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 237 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 17913295-17912096)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G44440.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G44440.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 - 17912488 -193

TSS peak A 13 - 17912312 -17

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	-	17912488	-193
TSS peak	`A`	13	-	17912312	-17

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone - 17912314 -19

TSS clone A clone - 17912312 -17

TSS clone T clone - 17912311 -16

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	-	17912314	-19
TSS clone	`A`	clone	-	17912312	-17
TSS clone	`T`	clone	-	17912311	-16

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCCCTATAAAAT - 17912339 17912350 -44 -55

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCCCTATAAAAT`	-	17912339	17912350	-44	-55
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TATTGGGC - 17912470 17912477 -175 -182

AtREG355 TATTGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AGCCCAATT - 17912641 17912649 -346 -354

AtREG402 AGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG418 GCCCAATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CAATTGGG - 17912664 17912671 -369 -376

AtREG647 CAATTGGG PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TATTGGGC`		-	17912470	17912477	-175	-182
	AtREG355	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AGCCCAATT`		-	17912641	17912649	-346	-354
	AtREG402	`AGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG418	`GCCCAATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CAATTGGG`		-	17912664	17912671	-369	-376
	AtREG647	`CAATTGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None