PlantPromoterDB promoter information of AT5G45360.1

Summary of Gene (AT5G45360.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G45360 TAIR NCBI
Gene model	AT5G45360.1
Description	F-box family protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cyclin-like F-box (InterPro:IPR001810); Has 132 Blast hits to 132 proteins in 38 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 76; Fungi - 0; Plants - 44; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 10 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 18387670-18386471)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G45360.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G45360.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 - 18386785 -115

TSS peak A 4 - 18386780 -110

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	-	18386785	-115
TSS peak	`A`	4	-	18386780	-110

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 18386763 -93

TSS clone C clone - 18386762 -92

TSS clone G clone - 18386748 -78

TSS clone T clone - 18386743 -73

TSS clone A clone - 18386737 -67

TSS clone G clone - 18386725 -55

TSS clone T clone - 18386719 -49

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	18386763	-93
TSS clone	`C`	clone	-	18386762	-92
TSS clone	`G`	clone	-	18386748	-78
TSS clone	`T`	clone	-	18386743	-73
TSS clone	`A`	clone	-	18386737	-67
TSS clone	`G`	clone	-	18386725	-55
TSS clone	`T`	clone	-	18386719	-49

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTCTCC - 18386739 18386747 -69 -77

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTCTCC`	-	18386739	18386747	-69	-77
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTAGCCCATTTA - 18386821 18386832 -151 -162

AtREG571 TTAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG581 TAGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372   AGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG386    GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG443     CCCATTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TATGGCCCATTTA - 18386838 18386850 -168 -180

AtREG479 TATGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG437 ATGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG490   TGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361    GGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG386     GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG443      CCCATTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTATGGGCTTAT - 18386860 18386871 -190 -201

AtREG394 TTATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG477 TATGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   ATGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426    TGGGCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG462     GGGCTTAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ACGTCGTT - 18386968 18386975 -298 -305

AtREG493 ACGTCGTT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTAGCCCATTTA`		-	18386821	18386832	-151	-162
	AtREG571	`TTAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG581	`TAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG372	`AGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG386	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG443	`CCCATTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TATGGCCCATTTA`		-	18386838	18386850	-168	-180
	AtREG479	`TATGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG437	`ATGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG490	`TGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG386	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG443	`CCCATTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TTATGGGCTTAT`		-	18386860	18386871	-190	-201
	AtREG394	`TTATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG477	`TATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG426	`TGGGCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG462	`GGGCTTAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ACGTCGTT`		-	18386968	18386975	-298	-305
	AtREG493	`ACGTCGTT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None