PlantPromoterDB promoter information of AT5G45420.1

Summary of Gene (AT5G45420.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G45420 TAIR NCBI
Gene model	AT5G45420.1
Description	myb family transcription factor; FUNCTIONS IN: transcription factor activity, DNA binding; LOCATED IN: endoplasmic reticulum, plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SANT, DNA-binding (InterPro:IPR001005), Molecular chaperone, heat shock protein, Hsp40, DnaJ (InterPro:IPR015609), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), MYB-like (InterPro:IPR017877); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DNAJ heat shock N-terminal domain-containing protein / cell division protein-related (TAIR:AT3G11450.1); Has 321 Blast hits to 281 proteins in 86 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 227; Fungi - 0; Plants - 51; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 41 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 18407597-18406398)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G45420.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT5G45428.1 AT5G45430.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G45420.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 15 - 18406609 -12

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	15	-	18406609	-12

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 18406606 -9

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	18406606	-9

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTCTTCT - 18406617 18406624 -20 -27

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTCTTCT`	-	18406617	18406624	-20	-27
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAAAGCCCAAAA - 18406673 18406684 -76 -87

AtREG409 AAAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376 AAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   AAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG469    AGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG529     GCCCAAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TATATGGGCTTTA - 18406717 18406729 -120 -132

AtREG620 TATATGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG432 ATATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG477   TATGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378    ATGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376     TGGGCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG365      GGGCTTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAAAGCCCAAAA`		-	18406673	18406684	-76	-87
	AtREG409	`AAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG469	`AGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG529	`GCCCAAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TATATGGGCTTTA`		-	18406717	18406729	-120	-132
	AtREG620	`TATATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG432	`ATATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG477	`TATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG365	`GGGCTTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 8 + 18407393 AT5G45428.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	8	+	18407393	AT5G45428.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 18407388 AT5G45428.1

TSS clone T clone + 18407389 AT5G45428.1

TSS clone A clone + 18407394 AT5G45428.1

TSS clone G clone + 18407395 AT5G45428.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	18407388	AT5G45428.1
TSS clone	`T`	clone	+	18407389	AT5G45428.1
TSS clone	`A`	clone	+	18407394	AT5G45428.1
TSS clone	`G`	clone	+	18407395	AT5G45428.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TTATAAAG + 18407361 18407368 AT5G45428.1

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TTATAAAG`	+	18407361	18407368	AT5G45428.1
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AAAGTCAA + 18407109 18407116 AT5G45428.1

AtREG632 AAAGTCAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG ACGGTTTAT + 18407247 18407255 AT5G45428.1

AtREG652 ACGGTTTA PPDB Motif PLACE Motif

AtREG598 CGGTTTAT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif