PlantPromoterDB promoter information of AT5G46250.3

Summary of Gene (AT5G46250.3)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G46250 TAIR NCBI
Gene model	AT5G46250.3
Description	RNA recognition motif (RRM)-containing protein; FUNCTIONS IN: RNA binding, nucleotide binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: RNA processing; LOCATED IN: ribonucleoprotein complex, nucleus; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Winged helix repressor DNA-binding (InterPro:IPR011991), RNA-binding protein Lupus La (InterPro:IPR006630), Lupus La protein (InterPro:IPR002344), RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA-binding protein, putative (TAIR:AT3G19090.1); Has 1225 Blast hits to 1223 proteins in 153 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 762; Fungi - 166; Plants - 180; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 117 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 18754388-18755587)

`Genome position from initiation codon` `AT5G46250.1 AT5G46250.2 TSS from cDNA TSS information AT5G46250.3 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G46250.3

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak C 2 + 18755359 -29

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`C`	2	+	18755359	-29

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 18755308 -80

TSS clone G clone + 18755311 -77

TSS clone A clone + 18755312 -76

TSS clone A clone + 18755314 -74

TSS clone A clone + 18755318 -70

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	18755308	-80
TSS clone	`G`	clone	+	18755311	-77
TSS clone	`A`	clone	+	18755312	-76
TSS clone	`A`	clone	+	18755314	-74
TSS clone	`A`	clone	+	18755318	-70

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCTCTTCCTCT + 18755391 18755404 3 16

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCTCTTCCTCT`	+	18755391	18755404	3	16
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAAAAGCC + 18755154 18755161 -234 -227

AtREG589 AAAAAGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG AAAAGCCCATCA + 18755170 18755181 -218 -207

AtREG409 AAAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376 AAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG635     GCCCATCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGTGTCGTTT + 18755213 18755222 -175 -166

AtREG599 GGTGTCGT   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG527 GTGTCGTT DREB1Aox PPDB Motif PLACE Motif

AtREG569   TGTCGTTT PPDB Motif PLACE Motif

REG AAATGACG + 18755229 18755236 -159 -152

AtREG657 AAATGACG PPDB Motif PLACE Motif

REG GACGTGTCG + 18755299 18755307 -89 -81

AtREG481 GACGTGTC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG478 ACGTGTCG ABA, DREB1Aox, Drought PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAAAAGCC`		+	18755154	18755161	-234	-227
	AtREG589	`AAAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AAAAGCCCATCA`		+	18755170	18755181	-218	-207
	AtREG409	`AAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG635	`GCCCATCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGTGTCGTTT`		+	18755213	18755222	-175	-166
	AtREG599	`GGTGTCGT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG527	`GTGTCGTT`	DREB1Aox	PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG569	`TGTCGTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AAATGACG`		+	18755229	18755236	-159	-152
	AtREG657	`AAATGACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GACGTGTCG`		+	18755299	18755307	-89	-81
	AtREG481	`GACGTGTC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG478	`ACGTGTCG`	ABA, DREB1Aox, Drought	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None