PlantPromoterDB promoter information of AT5G46780

Summary of Gene (AT5G46780)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G46780 TAIR NCBI
Gene model	AT5G46780
Description	VQ motif-containing protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: VQ (InterPro:IPR008889); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: VQ motif-containing protein (TAIR:AT2G35230.1); Has 4220 Blast hits to 3332 proteins in 353 species: Archae - 0; Bacteria - 235; Metazoa - 1741; Fungi - 535; Plants - 1009; Viruses - 213; Other Eukaryotes - 487 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 18978236-18979435)

`Genome position from initiation codon` `AT5G46780.1 AT5G46780.2 TSS from cDNA TSS information AT5G46780 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G46780

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 + 18979127 -109

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	+	18979127	-109

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box GTTATAAAAC + 18979094 18979103 -142 -133

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`GTTATAAAAC`	+	18979094	18979103	-142	-133
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CTTAATGG + 18978942 18978949 -294 -287

AtREG604 CTTAATGG PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

REG AAAGTCAA + 18978968 18978975 -268 -261

AtREG632 AAAGTCAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG TTAAAGCC + 18978986 18978993 -250 -243

AtREG545 TTAAAGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG AAAACGCGT + 18979058 18979066 -178 -170

AtREG566 AAAACGCG PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG633 AAACGCGT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CTTAATGG`		+	18978942	18978949	-294	-287
	AtREG604	`CTTAATGG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTAATGG`
REG	`AAAGTCAA`		+	18978968	18978975	-268	-261
	AtREG632	`AAAGTCAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`
REG	`TTAAAGCC`		+	18978986	18978993	-250	-243
	AtREG545	`TTAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AAAACGCGT`		+	18979058	18979066	-178	-170
	AtREG566	`AAAACGCG`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG633	`AAACGCGT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None