PlantPromoterDB promoter information of AT5G46840.2

Summary of Gene (AT5G46840.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G46840 TAIR NCBI
Gene model	AT5G46840.2
Description	RNA recognition motif (RRM)-containing protein; FUNCTIONS IN: RNA binding, nucleotide binding, nucleic acid binding; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); Has 10345 Blast hits to 6884 proteins in 384 species: Archae - 15; Bacteria - 291; Metazoa - 4575; Fungi - 1048; Plants - 877; Viruses - 42; Other Eukaryotes - 3497 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 19005062-19006261)

`Genome position from initiation codon` `AT5G46840.1 TSS from cDNA TSS information AT5G46840.2 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G46840.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 + 19005651 -411

TSS peak A 2 + 19006013 -49

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	+	19005651	-411
TSS peak	`A`	2	+	19006013	-49

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 19005591 -471

TSS clone A clone + 19005601 -461

TSS clone A clone + 19005602 -460

TSS clone T clone + 19005607 -455

TSS clone T clone + 19005609 -453

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	19005591	-471
TSS clone	`A`	clone	+	19005601	-461
TSS clone	`A`	clone	+	19005602	-460
TSS clone	`T`	clone	+	19005607	-455
TSS clone	`T`	clone	+	19005609	-453

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTCTCTCCCTCTTTCTTCCTCTTCTCTCAT + 19005603 19005635 -459 -427

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTCTCTCCCTCTTTCTTCCTCTTCTCTCAT`	+	19005603	19005635	-459	-427
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TCAGCCCAATG + 19005445 19005455 -617 -607

AtREG609 TCAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402   AGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG461    GCCCAATG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTAAAGCCCAATG + 19005465 19005477 -597 -585

AtREG545 TTAAAGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG365 TAAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376   AAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407    AAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402     AGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG461      GCCCAATG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CTAATGGGCTTAT + 19005479 19005491 -583 -571

AtREG558 CTAATGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG357 TAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372   AATGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378    ATGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426     TGGGCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG462      GGGCTTAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CTAATGGGCTGA + 19005509 19005520 -553 -542

AtREG558 CTAATGGG     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG357 TAATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372   AATGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG609     TGGGCTGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG AACCCGACCCGGT + 19005535 19005547 -527 -515

AtREG580 AACCCGAC      PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG405 ACCCGACC     PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG442   CCCGACCC    PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG375    CCGACCCG   PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG494     CGACCCGG PPDB Motif PLACE Motif

AtREG463      GACCCGGT PPDB Motif AACCG(G/A), GGGACCC PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TCAGCCCAATG`		+	19005445	19005455	-617	-607
	AtREG609	`TCAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG402	`AGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG461	`GCCCAATG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TTAAAGCCCAATG`		+	19005465	19005477	-597	-585
	AtREG545	`TTAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG365	`TAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG402	`AGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG461	`GCCCAATG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CTAATGGGCTTAT`		+	19005479	19005491	-583	-571
	AtREG558	`CTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG426	`TGGGCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG462	`GGGCTTAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CTAATGGGCTGA`		+	19005509	19005520	-553	-542
	AtREG558	`CTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG609	`TGGGCTGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`AACCCGACCCGGT`		+	19005535	19005547	-527	-515
	AtREG580	`AACCCGAC`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG405	`ACCCGACC`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG442	`CCCGACCC`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG375	`CCGACCCG`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG494	`CGACCCGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG463	`GACCCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A), GGGACCC`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None