PlantPromoterDB promoter information of AT5G47110.1

Summary of Gene (AT5G47110.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G47110 TAIR NCBI
Gene model	AT5G47110.1
Description	lil3 protein, putative; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: photosynthesis, light harvesting; LOCATED IN: chloroplast thylakoid membrane, chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: LIL3:1; transcription factor (TAIR:AT4G17600.1); Has 51 Blast hits to 51 proteins in 19 species: Archae - 0; Bacteria - 6; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 44; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 19136238-19135039)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G47110.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT5G47120.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G47110.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 34 - 19135340 -102

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	34	-	19135340	-102

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 19135350 -112

TSS clone C clone - 19135337 -99

TSS clone A clone - 19135326 -88

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	19135350	-112
TSS clone	`C`	clone	-	19135337	-99
TSS clone	`A`	clone	-	19135326	-88

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTCCTTC - 19135358 19135365 -120 -127

Y Patch TCTCTTTC - 19135367 19135374 -129 -136

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTCCTTC`	-	19135358	19135365	-120	-127
Y Patch	`TCTCTTTC`	-	19135367	19135374	-129	-136
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAAACGACA - 19135404 19135412 -166 -174

AtREG520 AAAACGAC PPDB Motif PLACE Motif

AtREG569 AAACGACA PPDB Motif PLACE Motif

REG CAAAGCCCATTAA - 19135488 19135500 -250 -262

AtREG559 CAAAGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376 AAAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   AAGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372    AGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG357     GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396      CCCATTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

REG TATATGGGCTGA - 19135504 19135515 -266 -277

AtREG620 TATATGGG     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG432 ATATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG477   TATGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG609     TGGGCTGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAAACGACA`		-	19135404	19135412	-166	-174
	AtREG520	`AAAACGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG569	`AAACGACA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CAAAGCCCATTAA`		-	19135488	19135500	-250	-262
	AtREG559	`CAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG372	`AGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG396	`CCCATTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
REG	`TATATGGGCTGA`		-	19135504	19135515	-266	-277
	AtREG620	`TATATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG432	`ATATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG477	`TATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG609	`TGGGCTGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 60 + 19136023 AT5G47120.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	60	+	19136023	AT5G47120.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 19136024 AT5G47120.1

TSS clone T clone + 19136027 AT5G47120.1

TSS clone T clone + 19136028 AT5G47120.1

TSS clone T clone + 19136033 AT5G47120.1

TSS clone A clone + 19136035 AT5G47120.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	19136024	AT5G47120.1
TSS clone	`T`	clone	+	19136027	AT5G47120.1
TSS clone	`T`	clone	+	19136028	AT5G47120.1
TSS clone	`T`	clone	+	19136033	AT5G47120.1
TSS clone	`A`	clone	+	19136035	AT5G47120.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CATTATAAATA + 19135989 19135999 AT5G47120.1

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CATTATAAATA`	+	19135989	19135999	AT5G47120.1
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG ATCCACGTGGAT + 19135768 19135779 AT5G47120.1

AtREG408 TCCACGTGGA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG547 ATCCACGTGGAT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG CTTATTGG + 19135784 19135791 AT5G47120.1

AtREG611 CTTATTGG PPDB Motif PLACE Motif

REG TACACGTGTA + 19135910 19135919 AT5G47120.1

AtREG453 TACACGTGTA ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACACNNG

REG TAAGGGTATT + 19135949 19135958 AT5G47120.1

AtREG570 TAAGGGTA PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

AtREG623 AAGGGTAT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

AtREG567 AGGGTATT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif