PlantPromoterDB promoter information of AT5G47200.1

Summary of Gene (AT5G47200.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G47200 TAIR NCBI
Gene model	AT5G47200.1
Description	ATRAB1A; FUNCTIONS IN: GTP binding; INVOLVED IN: protein transport, small GTPase mediated signal transduction; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ras GTPase (InterPro:IPR001806), Small GTP-binding protein (InterPro:IPR005225), Ras (InterPro:IPR013753), Ras small GTPase, Rab type (InterPro:IPR003579); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ATRAB1C; GTP binding (TAIR:AT4G17530.1); Has 23714 Blast hits to 23664 proteins in 649 species: Archae - 17; Bacteria - 107; Metazoa - 13262; Fungi - 2840; Plants - 2236; Viruses - 19; Other Eukaryotes - 5233 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 19166029-19167228)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G47200.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G47190.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G47200.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 17 + 19166935 -94

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	17	+	19166935	-94

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 19166930 -99

TSS clone A clone + 19166931 -98

TSS clone A clone + 19166932 -97

TSS clone A clone + 19166933 -96

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	19166930	-99
TSS clone	`A`	clone	+	19166931	-98
TSS clone	`A`	clone	+	19166932	-97
TSS clone	`A`	clone	+	19166933	-96

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTCTCTC + 19166944 19166953 -85 -76

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTCTCTC`	+	19166944	19166953	-85	-76
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GCCACGTCAGC + 19166795 19166805 -234 -224

AtREG388 GCCACGTC    PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG419 CCACGTCA   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA

AtREG440   CACGTCAG ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG515    ACGTCAGC SA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG CAAAACGC + 19166822 19166829 -207 -200

AtREG585 CAAAACGC PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif CAAAACGC

REG GTGGGTCCC + 19166848 19166856 -181 -173

AtREG523 GTGGGTCC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

AtREG615 TGGGTCCC ABA PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG CTTAACCGTGTCAT + 19166871 19166884 -158 -145

AtREG605 CTTAACCG       PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG438       CGTGTCAT ABA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GCCACGTCAGC`		+	19166795	19166805	-234	-224
	AtREG388	`GCCACGTC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG419	`CCACGTCA`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA`
	AtREG440	`CACGTCAG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG515	`ACGTCAGC`	SA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`CAAAACGC`		+	19166822	19166829	-207	-200
	AtREG585	`CAAAACGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif	`CAAAACGC`
REG	`GTGGGTCCC`		+	19166848	19166856	-181	-173
	AtREG523	`GTGGGTCC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	AtREG615	`TGGGTCCC`	ABA	PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
REG	`CTTAACCGTGTCAT`		+	19166871	19166884	-158	-145
	AtREG605	`CTTAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG438	`CGTGTCAT`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone - 19166106 AT5G47190.1

TSS clone C clone - 19166093 AT5G47190.1

TSS clone peak G clone - 19166076 AT5G47190.1

TSS clone T clone - 19166071 AT5G47190.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	-	19166106	AT5G47190.1
TSS clone	`C`	clone	-	19166093	AT5G47190.1
TSS clone peak	`G`	clone	-	19166076	AT5G47190.1
TSS clone	`T`	clone	-	19166071	AT5G47190.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None