version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G47220

Summary of Gene (AT5G47220)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G47220  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G47220  
Description Encodes a member of the ERF (ethylene response factor) subfamily B-3 of ERF/AP2 transcription factor family (ATERF-2). The protein contains one AP2 domain. Functions as activator of GCC box–dependent transcription. Positive regulator of JA-responsive defense genes and resistance to F. oxysporum and enhances JA inhibition of root elongation.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 19171704-19170505)

Genome position     
from initiation codon
AT5G47210.1         
AT5G47210.2         
AT5G47210.3         
TSS from cDNA
TSS information
AT5G47220                        5'->3' (-)
Promoter sequence







 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G47220

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-19172818-64
TSS clone peakGclone-19172812-58
TSS cloneAclone-19172804-50

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA26-19171194AT5G47210.1, AT5G47210.2, AT5G47210.3

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneGclone-19171257AT5G47210.1, AT5G47210.2, AT5G47210.3
TSS cloneCclone-19171226AT5G47210.1, AT5G47210.2, AT5G47210.3
TSS cloneTclone-19171218AT5G47210.1, AT5G47210.2, AT5G47210.3
TSS cloneTclone-19171216AT5G47210.1, AT5G47210.2, AT5G47210.3
TSS cloneCclone-19171211AT5G47210.1, AT5G47210.2, AT5G47210.3
TSS cloneTclone-19171210AT5G47210.1, AT5G47210.2, AT5G47210.3
TSS cloneAclone-19171204AT5G47210.1, AT5G47210.2, AT5G47210.3
TSS cloneTclone-19171203AT5G47210.1, AT5G47210.2, AT5G47210.3
TSS cloneGclone-19171193AT5G47210.1, AT5G47210.2, AT5G47210.3
TSS cloneAclone-19171164AT5G47210.1, AT5G47210.2, AT5G47210.3

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCCTCTCTCTCTC-1917121319171224AT5G47210.1, AT5G47210.2, AT5G47210.3
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTTAATGGGCTTA-1917133819171349AT5G47210.1, AT5G47210.2, AT5G47210.3
 AtREG396TTAATGGG     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTTAATGG 
 AtREG357 TAATGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG372  AATGGGCT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378   ATGGGCTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG426    TGGGCTTA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGTTAATGGGCTTTAA-1917137619171389AT5G47210.1, AT5G47210.2, AT5G47210.3
 AtREG396TTAATGGG       PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTTAATGG 
 AtREG357 TAATGGGC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG372  AATGGGCT     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378   ATGGGCTT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG376    TGGGCTTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG365     GGGCTTTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG545      GGCTTTAA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCTTAATGG-1917141319171420AT5G47210.1, AT5G47210.2, AT5G47210.3
 AtREG604CTTAATGG PPDB Motif  PLACE MotifTTAATGG 
REGCCCAATAA-1917148419171491AT5G47210.1, AT5G47210.2, AT5G47210.3
 AtREG417CCCAATAA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.