PlantPromoterDB promoter information of AT5G47220

Summary of Gene (AT5G47220)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G47220 TAIR NCBI
Gene model	AT5G47220
Description	Encodes a member of the ERF (ethylene response factor) subfamily B-3 of ERF/AP2 transcription factor family (ATERF-2). The protein contains one AP2 domain. Functions as activator of GCC box–dependent transcription. Positive regulator of JA-responsive defense genes and resistance to F. oxysporum and enhances JA inhibition of root elongation.

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 19172304-19171105)

`Genome position from initiation codon` `AT5G47210.1 AT5G47210.2 AT5G47210.3 AT5G47220.1 TSS from cDNA TSS information AT5G47220 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G47220

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 19172818 -64

TSS clone peak G clone - 19172812 -58

TSS clone A clone - 19172804 -50

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	19172818	-64
TSS clone peak	`G`	clone	-	19172812	-58
TSS clone	`A`	clone	-	19172804	-50

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 26 - 19171194 AT5G47210.1, AT5G47210.2, AT5G47210.3

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	26	-	19171194	AT5G47210.1, AT5G47210.2, AT5G47210.3

TSS information from cDNA

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	-	19171257	AT5G47210.1, AT5G47210.2, AT5G47210.3
TSS clone	`C`	clone	-	19171226	AT5G47210.1, AT5G47210.2, AT5G47210.3
TSS clone	`T`	clone	-	19171218	AT5G47210.1, AT5G47210.2, AT5G47210.3
TSS clone	`T`	clone	-	19171216	AT5G47210.1, AT5G47210.2, AT5G47210.3
TSS clone	`C`	clone	-	19171211	AT5G47210.1, AT5G47210.2, AT5G47210.3
TSS clone	`T`	clone	-	19171210	AT5G47210.1, AT5G47210.2, AT5G47210.3
TSS clone	`A`	clone	-	19171204	AT5G47210.1, AT5G47210.2, AT5G47210.3
TSS clone	`T`	clone	-	19171203	AT5G47210.1, AT5G47210.2, AT5G47210.3
TSS clone	`G`	clone	-	19171193	AT5G47210.1, AT5G47210.2, AT5G47210.3
TSS clone	`A`	clone	-	19171164	AT5G47210.1, AT5G47210.2, AT5G47210.3

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTCTCTCTCTC - 19171213 19171224 AT5G47210.1, AT5G47210.2, AT5G47210.3

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTCTCTCTCTC`	-	19171213	19171224	AT5G47210.1, AT5G47210.2, AT5G47210.3
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TTAATGGGCTTA - 19171338 19171349 AT5G47210.1, AT5G47210.2, AT5G47210.3

AtREG396 TTAATGGG     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357 TAATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372   AATGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378    ATGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426     TGGGCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG TTAATGGGCTTTAA - 19171376 19171389 AT5G47210.1, AT5G47210.2, AT5G47210.3

AtREG396 TTAATGGG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357 TAATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372   AATGGGCT     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378    ATGGGCTT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376     TGGGCTTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG365      GGGCTTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG545       GGCTTTAA PPDB Motif PLACE Motif

REG CTTAATGG - 19171413 19171420 AT5G47210.1, AT5G47210.2, AT5G47210.3

AtREG604 CTTAATGG PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

REG CCCAATAA - 19171484 19171491 AT5G47210.1, AT5G47210.2, AT5G47210.3

AtREG417 CCCAATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif