PlantPromoterDB promoter information of AT5G47240

Summary of Gene (AT5G47240)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G47240 TAIR NCBI
Gene model	AT5G47240
Description	Arabidopsis thaliana Nudix hydrolase homolog 8 (atnudt8); FUNCTIONS IN: hydrolase activity; INVOLVED IN: response to wounding; LOCATED IN: cytosol; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NUDIX (InterPro:IPR015797), Anti-sense to fibroblast growth factor protein GFG (InterPro:IPR003293), NUDIX hydrolase, core (InterPro:IPR000086); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ATNUDT2 (ARABIDOPSIS THALIANA NUDIX HYDROLASE HOMOLOG 2); ADP-ribose diphosphatase/ NAD or NADH binding / hydrolase (TAIR:AT5G47650.1); Has 869 Blast hits to 869 proteins in 223 species: Archae - 10; Bacteria - 416; Metazoa - 165; Fungi - 2; Plants - 87; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 187 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 19179556-19180755)

`Genome position from initiation codon` `AT5G47230.1 TSS from cDNA TSS information AT5G47240 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G47229.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G47240

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone + 19183717 -89

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	19183717	-89

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 13 + 19180015 AT5G47230.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	13	+	19180015	AT5G47230.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 19179939 AT5G47230.1

TSS clone A clone + 19180019 AT5G47230.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	19179939	AT5G47230.1
TSS clone	`A`	clone	+	19180019	AT5G47230.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TGTATATATAC + 19179982 19179992 AT5G47230.1

Y Patch CTCCCTCTTCTCT + 19180002 19180014 AT5G47230.1

Y Patch TCTTCTTCCTTCTCT + 19180027 19180041 AT5G47230.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TGTATATATAC`	+	19179982	19179992	AT5G47230.1
Y Patch	`CTCCCTCTTCTCT`	+	19180002	19180014	AT5G47230.1
Y Patch	`TCTTCTTCCTTCTCT`	+	19180027	19180041	AT5G47230.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AGTCGGTC + 19179774 19179781 AT5G47230.1

AtREG638 AGTCGGTC DREB1Aox, ABA PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC, RCCGAC

REG ATCCAACGG + 19179787 19179795 AT5G47230.1

AtREG586 ATCCAACG PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

AtREG554 TCCAACGG PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif YAACKG, CNGTTR