PlantPromoterDB promoter information of AT5G47640.1

Summary of Gene (AT5G47640.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G47640 TAIR NCBI
Gene model	AT5G47640.1
Description	NUCLEAR FACTOR Y, SUBUNIT B2 (NF-YB2); FUNCTIONS IN: transcription factor activity; INVOLVED IN: regulation of transcription, DNA-dependent; LOCATED IN: nucleus, intracellular; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor, CBFA/NFYB, DNA topoisomerase (InterPro:IPR003957), Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone (InterPro:IPR003958), Histone-fold (InterPro:IPR009072), Transcription factor, NFYB/HAP3, conserved site (InterPro:IPR003956); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NF-YB3 (NUCLEAR FACTOR Y, SUBUNIT B3); transcription factor (TAIR:AT4G14540.1); Has 995 Blast hits to 995 proteins in 188 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 385; Fungi - 225; Plants - 295; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 90 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 19308414-19309613)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G47640.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G47640.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 26 + 19309229 -185

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	26	+	19309229	-185

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 19309227 -187

TSS clone T clone + 19309228 -186

TSS clone A clone + 19309231 -183

TSS clone C clone + 19309232 -182

TSS clone A clone + 19309234 -180

TSS clone C clone + 19309237 -177

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	19309227	-187
TSS clone	`T`	clone	+	19309228	-186
TSS clone	`A`	clone	+	19309231	-183
TSS clone	`C`	clone	+	19309232	-182
TSS clone	`A`	clone	+	19309234	-180
TSS clone	`C`	clone	+	19309237	-177

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCTTTATATAAGC + 19309193 19309205 -221 -209

Y Patch TCCTCTCTTT + 19309188 19309197 -226 -217

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCTTTATATAAGC`	+	19309193	19309205	-221	-209
Y Patch	`TCCTCTCTTT`	+	19309188	19309197	-226	-217
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CACGCGCT + 19308946 19308953 -468 -461

AtREG381 CACGCGCT PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

REG AACACGTGGCAA + 19309040 19309051 -374 -363

AtREG590 AACACGTG     ABA, JA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG382 ACACGTGG    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG367   CACGTGGC   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC

AtREG379    ACGTGGCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG452     CGTGGCAA PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

REG TCACGTGTCA + 19309159 19309168 -255 -246

AtREG628 TCACGTGT   DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG366 CACGTGTC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC

AtREG389   ACGTGTCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CACGCGCT`		+	19308946	19308953	-468	-461
	AtREG381	`CACGCGCT`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
REG	`AACACGTGGCAA`		+	19309040	19309051	-374	-363
	AtREG590	`AACACGTG`	ABA, JA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG`
	AtREG382	`ACACGTGG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG`
	AtREG367	`CACGTGGC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC`
	AtREG379	`ACGTGGCA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG452	`CGTGGCAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
REG	`TCACGTGTCA`		+	19309159	19309168	-255	-246
	AtREG628	`TCACGTGT`	DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG`
	AtREG366	`CACGTGTC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC`
	AtREG389	`ACGTGTCA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None