PlantPromoterDB promoter information of AT5G47690.1

Summary of Gene (AT5G47690.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G47690 TAIR NCBI
Gene model	AT5G47690.1
Description	binding; FUNCTIONS IN: binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: mitochondrion, nucleus; EXPRESSED IN: cotyledon, guard cell, cultured cell; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Armadillo-type fold (InterPro:IPR016024); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: binding (TAIR:AT1G77600.1); Has 6765 Blast hits to 5235 proteins in 377 species: Archae - 10; Bacteria - 207; Metazoa - 2980; Fungi - 748; Plants - 470; Viruses - 130; Other Eukaryotes - 2220 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 19316899-19318098)

`Genome position from initiation codon` `AT5G47690.2 AT5G47690.3 TSS from cDNA TSS information AT5G47690.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G47680.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G47690.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 5 + 19317712 -187

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	5	+	19317712	-187

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 19317725 -174

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	19317725	-174

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGTCATTT + 19317443 19317450 -456 -449

AtREG657 CGTCATTT PPDB Motif PLACE Motif

REG GGGTCAAA + 19317504 19317511 -395 -388

AtREG592 GGGTCAAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC, TTGACC

REG TCAAAACGACGTC + 19317533 19317545 -366 -354

AtREG653 TCAAAACG      PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG520   AAAACGAC    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG415    AAACGACG   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG493     AACGACGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG431      ACGACGTC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG CTAATGGGCCTGG + 19317558 19317570 -341 -329

AtREG558 CTAATGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG357 TAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG370     TGGGCCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG619      GGGCCTGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG GGGCCTGT + 19317583 19317590 -316 -309

AtREG433 GGGCCTGT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG ATGGGCTTTAA + 19317597 19317607 -302 -292

AtREG378 ATGGGCTT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376 TGGGCTTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG365   GGGCTTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG545    GGCTTTAA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGTCATTT`		+	19317443	19317450	-456	-449
	AtREG657	`CGTCATTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GGGTCAAA`		+	19317504	19317511	-395	-388
	AtREG592	`GGGTCAAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC, TTGACC`
REG	`TCAAAACGACGTC`		+	19317533	19317545	-366	-354
	AtREG653	`TCAAAACG`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG520	`AAAACGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG415	`AAACGACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG493	`AACGACGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
	AtREG431	`ACGACGTC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`CTAATGGGCCTGG`		+	19317558	19317570	-341	-329
	AtREG558	`CTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG370	`TGGGCCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG619	`GGGCCTGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`GGGCCTGT`		+	19317583	19317590	-316	-309
	AtREG433	`GGGCCTGT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`ATGGGCTTTAA`		+	19317597	19317607	-302	-292
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG365	`GGGCTTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG545	`GGCTTTAA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak T clone - 19317503 AT5G47680.1

TSS clone peak C clone - 19317485 AT5G47680.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`T`	clone	-	19317503	AT5G47680.1
TSS clone peak	`C`	clone	-	19317485	AT5G47680.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None