PlantPromoterDB promoter information of AT5G47700.1

Summary of Gene (AT5G47700.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G47700 TAIR NCBI
Gene model	AT5G47700.1
Description	60S acidic ribosomal protein P1 (RPP1C); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translational elongation; LOCATED IN: cytosol, cytosolic ribosome, ribosome, nucleus, plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein 60S (InterPro:IPR001813); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 60S acidic ribosomal protein P1 (RPP1A) (TAIR:AT1G01100.4); Has 1683 Blast hits to 1682 proteins in 292 species: Archae - 49; Bacteria - 5; Metazoa - 682; Fungi - 360; Plants - 319; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 268 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 19329724-19328525)

`Genome position from initiation codon` `AT5G47700.2 TSS from cDNA TSS information AT5G47700.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT5G47710.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G47700.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 59 - 19328930 -206

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	59	-	19328930	-206

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 19328939 -215

TSS clone A clone - 19328938 -214

TSS clone C clone - 19328933 -209

TSS clone C clone - 19328932 -208

TSS clone T clone - 19328931 -207

TSS clone G clone - 19328906 -182

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	19328939	-215
TSS clone	`A`	clone	-	19328938	-214
TSS clone	`C`	clone	-	19328933	-209
TSS clone	`C`	clone	-	19328932	-208
TSS clone	`T`	clone	-	19328931	-207
TSS clone	`G`	clone	-	19328906	-182

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCTTTATAAA - 19328962 19328971 -238 -247

Y Patch CATCTCTC - 19328913 19328920 -189 -196

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCTTTATAAA`	-	19328962	19328971	-238	-247
Y Patch	`CATCTCTC`	-	19328913	19328920	-189	-196
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAGCCCTA - 19328994 19329001 -270 -277

AtREG651 AAGCCCTA PPDB Motif PLACE Motif

REG TAAATGGGCCTAAT - 19329019 19329032 -295 -308

AtREG443 TAAATGGG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG386 AAATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358     TGGGCCTA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG360      GGGCCTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG506       GGCCTAAT PPDB Motif PLACE Motif

REG CAAAGCCCAATAA - 19329057 19329069 -333 -345

AtREG559 CAAAGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376 AAAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   AAGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402    AGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG355     GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG417      CCCAATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GCCCAATA - 19329076 19329083 -352 -359

AtREG355 GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAGCCCTA`		-	19328994	19329001	-270	-277
	AtREG651	`AAGCCCTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TAAATGGGCCTAAT`		-	19329019	19329032	-295	-308
	AtREG443	`TAAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG358	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG360	`GGGCCTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG506	`GGCCTAAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CAAAGCCCAATAA`		-	19329057	19329069	-333	-345
	AtREG559	`CAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG402	`AGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG355	`GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG417	`CCCAATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GCCCAATA`		-	19329076	19329083	-352	-359
	AtREG355	`GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 2 + 19329633 AT5G47710.1, AT5G47710.2

TSS peak G 2 + 19329695 AT5G47710.1, AT5G47710.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	2	+	19329633	AT5G47710.1, AT5G47710.2
TSS peak	`G`	2	+	19329695	AT5G47710.1, AT5G47710.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 19329675 AT5G47710.1, AT5G47710.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	19329675	AT5G47710.1, AT5G47710.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCTTTATA + 19329597 19329604 AT5G47710.1, AT5G47710.2

TATA Box TGTATAAAAA + 19329657 19329666 AT5G47710.1, AT5G47710.2

Y Patch CCTCCTCT + 19329715 19329722 AT5G47710.1, AT5G47710.2

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCTTTATA`	+	19329597	19329604	AT5G47710.1, AT5G47710.2
TATA Box	`TGTATAAAAA`	+	19329657	19329666	AT5G47710.1, AT5G47710.2
Y Patch	`CCTCCTCT`	+	19329715	19329722	AT5G47710.1, AT5G47710.2
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TCAAAACGC + 19329558 19329566 AT5G47710.1, AT5G47710.2

AtREG653 TCAAAACG PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG585 CAAAACGC PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif CAAAACGC