PlantPromoterDB promoter information of AT5G47880.1

Summary of Gene (AT5G47880.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G47880 TAIR NCBI
Gene model	AT5G47880.1
Description	Encodes a eukaryotic release factor 1 homolog. Cosuppression of the gene's expression results affects cell elongation of the inflorescence stem, specifically the internodes, and radial cell division. Expression of the protein is primarily observed in the vascular system and in actively growing and elongating zones.

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 19388865-19387666)

`Genome position from initiation codon` `AT5G47880.2 TSS from cDNA TSS information AT5G47880.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT5G47890.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G47880.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 21 - 19388562 -697

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	21	-	19388562	-697

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 19388562 -697

TSS clone T clone - 19388561 -696

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	19388562	-697
TSS clone	`T`	clone	-	19388561	-696

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TTATATATATTC - 19388588 19388599 -723 -734

Y Patch TCTCTTTCTCT - 19388579 19388589 -714 -724

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TTATATATATTC`	-	19388588	19388599	-723	-734
Y Patch	`TCTCTTTCTCT`	-	19388579	19388589	-714	-724
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AGTCGGTT - 19388640 19388647 -775 -782

AtREG641 AGTCGGTT PPDB Motif AACCG(G/A), CCGAC PLACE Motif CCGAC, RCCGAC

REG TACTGGGCTTAGGCCCATTAA - 19388651 19388671 -786 -806

AtREG434 TACTGGGC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG426    TGGGCTTA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG634     GGGCTTAG          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG563        CTTAGGCC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG360         TTAGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358          TAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354           AGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361            GGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG357             GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396              CCCATTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

REG TTCGGCCCATTAAG - 19388685 19388698 -820 -833

AtREG427 TTCGGCCC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG393 TCGGCCCA      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380   CGGCCCAT     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361    GGCCCATT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG357     GCCCATTA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396      CCCATTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG604       CCATTAAG PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AGTCGGTT`		-	19388640	19388647	-775	-782
	AtREG641	`AGTCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A), CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC, RCCGAC`
REG	`TACTGGGCTTAGGCCCATTAA`		-	19388651	19388671	-786	-806
	AtREG434	`TACTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG426	`TGGGCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG634	`GGGCTTAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG563	`CTTAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG360	`TTAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG358	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG396	`CCCATTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
REG	`TTCGGCCCATTAAG`		-	19388685	19388698	-820	-833
	AtREG427	`TTCGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG393	`TCGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG380	`CGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG396	`CCCATTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG604	`CCATTAAG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTAATGG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone + 19388744 AT5G47890.1

TSS clone C clone + 19388745 AT5G47890.1

TSS clone T clone + 19388746 AT5G47890.1

TSS clone peak T clone + 19388748 AT5G47890.1

TSS clone A clone + 19388788 AT5G47890.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	+	19388744	AT5G47890.1
TSS clone	`C`	clone	+	19388745	AT5G47890.1
TSS clone	`T`	clone	+	19388746	AT5G47890.1
TSS clone peak	`T`	clone	+	19388748	AT5G47890.1
TSS clone	`A`	clone	+	19388788	AT5G47890.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None