version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G47910.1

Summary of Gene (AT5G47910.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G47910  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G47910.1  
Description NADPH/respiratory burst oxidase protein D (RbohD).Interacts with AtrbohF gene to fine tune the spatial control of ROI production and hypersensitive response to cell in and around infection site.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 19407235-19408434)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT5G47910.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence

 
AT5G47930.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence











 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G47910.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG2+19397312-273

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone+19397443-142

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGATGACACG+1939719519397202-390-383
 AtREG438ATGACACGABA PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA31-19407398AT5G47930.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone-19407398AT5G47930.1
TSS cloneGclone-19407397AT5G47930.1
TSS cloneTclone-19407394AT5G47930.1
TSS cloneCclone-19407392AT5G47930.1
TSS cloneGclone-19407391AT5G47930.1
TSS cloneTclone-19407390AT5G47930.1
TSS cloneCclone-19407389AT5G47930.1
TSS cloneGclone-19407383AT5G47930.1
TSS cloneGclone-19407376AT5G47930.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxCATATATAC-1940742019407428AT5G47930.1
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCAATGGGCTGGGCCTATAAGGCCCAATG-1940745919407486AT5G47930.1
 AtREG551CAATGGGC                     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG372 AATGGGCT                    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG454     GGCTGGGC                PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG410       CTGGGCCT              PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG358        TGGGCCTA             PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG362         GGGCCTAT            PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG487          GGCCTATA           PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG425               ATAAGGCC      PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG351                TAAGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG353                 AAGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356                  AGGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG352                   GGCCCAAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG461                    GCCCAATG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.