PlantPromoterDB promoter information of AT5G47930.1

Summary of Gene (AT5G47930.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G47930 TAIR NCBI
Gene model	AT5G47930.1
Description	40S ribosomal protein S27 (RPS27D); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation, ribosome biogenesis; LOCATED IN: cytosolic small ribosomal subunit, cytosolic ribosome, ribosome, plasma membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein, zinc-binding (InterPro:IPR011332), Ribosomal protein S27e (InterPro:IPR000592); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ARS27A (ARABIDOPSIS RIBOSOMAL PROTEIN S27); structural constituent of ribosome (TAIR:AT3G61110.1); Has 707 Blast hits to 707 proteins in 276 species: Archae - 87; Bacteria - 0; Metazoa - 301; Fungi - 98; Plants - 99; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 122 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 19408329-19407130)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G47930.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G47930.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 31 - 19407398 -69

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	31	-	19407398	-69

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 19407398 -69

TSS clone G clone - 19407397 -68

TSS clone T clone - 19407394 -65

TSS clone C clone - 19407392 -63

TSS clone G clone - 19407391 -62

TSS clone T clone - 19407390 -61

TSS clone C clone - 19407389 -60

TSS clone G clone - 19407383 -54

TSS clone G clone - 19407376 -47

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	19407398	-69
TSS clone	`G`	clone	-	19407397	-68
TSS clone	`T`	clone	-	19407394	-65
TSS clone	`C`	clone	-	19407392	-63
TSS clone	`G`	clone	-	19407391	-62
TSS clone	`T`	clone	-	19407390	-61
TSS clone	`C`	clone	-	19407389	-60
TSS clone	`G`	clone	-	19407383	-54
TSS clone	`G`	clone	-	19407376	-47

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CATATATAC - 19407420 19407428 -91 -99

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CATATATAC`	-	19407420	19407428	-91	-99
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CAATGGGCTGGGCCTATAAGGCCCAATG - 19407459 19407486 -130 -157

AtREG551 CAATGGGC                     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372 AATGGGCT                    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG454      GGCTGGGC                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG410        CTGGGCCT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358         TGGGCCTA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG362          GGGCCTAT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG487           GGCCTATA           PPDB Motif PLACE Motif

AtREG425                ATAAGGCC      PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG351                 TAAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353                  AAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356                   AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352                    GGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG461                     GCCCAATG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CAATGGGCTGGGCCTATAAGGCCCAATG`		-	19407459	19407486	-130	-157
	AtREG551	`CAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG454	`GGCTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG410	`CTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG358	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG362	`GGGCCTAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG487	`GGCCTATA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG425	`ATAAGGCC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG351	`TAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG352	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG461	`GCCCAATG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None