PlantPromoterDB promoter information of AT5G48385.1

Summary of Gene (AT5G48385.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G48385 TAIR NCBI
Gene model	AT5G48385.1
Description	FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Frigida-like (InterPro:IPR012474); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: hydroxyproline-rich glycoprotein family protein (TAIR:AT3G22440.1); Has 987 Blast hits to 921 proteins in 78 species: Archae - 0; Bacteria - 16; Metazoa - 58; Fungi - 7; Plants - 873; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 33 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 19608471-19609670)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G48385.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G48385.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 36 + 19608584 -887

TSS peak T 2 + 19608782 -689

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	36	+	19608584	-887
TSS peak	`T`	2	+	19608782	-689

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 19608561 -910

TSS clone G clone + 19608585 -886

TSS clone T clone + 19608621 -850

TSS clone C clone + 19608631 -840

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	19608561	-910
TSS clone	`G`	clone	+	19608585	-886
TSS clone	`T`	clone	+	19608621	-850
TSS clone	`C`	clone	+	19608631	-840

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTCTCTTCT + 19608555 19608564 -916 -907

Y Patch CCTCTTTCCT + 19608570 19608579 -901 -892

Y Patch CCTCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCT + 19608598 19608621 -873 -850

Y Patch TCTTCTCTT + 19608757 19608765 -714 -706

Y Patch TTCTCTTC + 19608806 19608813 -665 -658

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTCTCTTCT`	+	19608555	19608564	-916	-907
Y Patch	`CCTCTTTCCT`	+	19608570	19608579	-901	-892
Y Patch	`CCTCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCT`	+	19608598	19608621	-873	-850
Y Patch	`TCTTCTCTT`	+	19608757	19608765	-714	-706
Y Patch	`TTCTCTTC`	+	19608806	19608813	-665	-658
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CACGTGAC + 19608375 19608382 -1096 -1089

AtREG583 CACGTGAC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

REG CCGAACCA + 19608427 19608434 -1044 -1037

AtREG655 CCGAACCA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CACGTGAC`		+	19608375	19608382	-1096	-1089
	AtREG583	`CACGTGAC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
REG	`CCGAACCA`		+	19608427	19608434	-1044	-1037
	AtREG655	`CCGAACCA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None