PlantPromoterDB promoter information of AT5G48460.1

Summary of Gene (AT5G48460.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G48460 TAIR NCBI
Gene model	AT5G48460.1
Description	fimbrin-like protein, putative; FUNCTIONS IN: actin binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Actinin-type, actin-binding, conserved site (InterPro:IPR001589), Calponin-homology (InterPro:IPR016146), Calponin-like actin-binding (InterPro:IPR001715); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: FIM2 (FIMBRIN-LIKE PROTEIN 2); actin binding (TAIR:AT5G35700.1); Has 2573 Blast hits to 1976 proteins in 141 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 2069; Fungi - 216; Plants - 75; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 213 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 19641715-19640516)

`Genome position from initiation codon` `AT5G48465.1 TSS from cDNA TSS information AT5G48460.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT5G48465 AT5G48465.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G48460.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 8 - 19639386 -21

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	8	-	19639386	-21

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 19639407 -42

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	19639407	-42

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTCTTCTTCTTCTTC - 19639409 19639424 -44 -59

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTCTTCTTCTTCTTC`	-	19639409	19639424	-44	-59
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAACGACA - 19639583 19639590 -218 -225

AtREG569 AAACGACA PPDB Motif PLACE Motif

REG AAATACCCT - 19639660 19639668 -295 -303

AtREG602 AAATACCC PPDB Motif PLACE Motif

AtREG567 AATACCCT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAACGACA`		-	19639583	19639590	-218	-225
	AtREG569	`AAACGACA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AAATACCCT`		-	19639660	19639668	-295	-303
	AtREG602	`AAATACCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG567	`AATACCCT`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 4 + 19641713 AT5G48470.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	4	+	19641713	AT5G48470.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG ATAACCGGT + 19641466 19641474 AT5G48470.1

AtREG548 ATAACCGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG503 TAACCGGT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

REG AGCGCGTGGCTTTTAACCACGTGGT + 19641624 19641648 AT5G48470.1

AtREG381 AGCGCGTG                  PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

AtREG608     CGTGGCTT              ABA PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

AtREG549        GGCTTTTA           PPDB Motif PLACE Motif

AtREG544                ACCACGTGGT ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG