version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G48490

Summary of Gene (AT5G48490)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G48490  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G48490  
Description protease inhibitor/seed storage/lipid transfer protein (LTP) family protein; FUNCTIONS IN: lipid binding; INVOLVED IN: lipid transport; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage (InterPro:IPR016140), Plant lipid transfer protein/seed storage/trypsin-alpha amylase inhibitor (InterPro:IPR003612); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DIR1 (DEFECTIVE IN INDUCED RESISTANCE 1); lipid binding / lipid transporter (TAIR:AT5G48485.1); Has 118 Blast hits to 118 proteins in 14 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 118; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 19644937-19643738)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT5G48490                        5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AT5G48470.1         
AT5G48480.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence




 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G48490

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA5-19648281-44

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-19648280-43

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGAATACCCT-1964837319648380-136-143
 AtREG567AATACCCT PPDB MotifACCCT  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA42+19644744AT5G48480.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone+19644737AT5G48480.1
TSS cloneTclone+19644740AT5G48480.1
TSS cloneAclone+19644744AT5G48480.1
TSS cloneCclone+19644745AT5G48480.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTTCCTTC+1964469919644706AT5G48480.1
Y PatchTTTCTCTCTT+1964475819644767AT5G48480.1
Y PatchTCTCTCTTCTC+1964478119644791AT5G48480.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTCCAACGGTTTAA+1964450819644520AT5G48480.1
 AtREG554TCCAACGG      PPDB MotifCCAACGG  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
 AtREG652    ACGGTTTA  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG473     CGGTTTAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTAAGGGTA+1964461219644619AT5G48480.1
 AtREG570TAAGGGTA PPDB MotifACCCT  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.