version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G48900

Summary of Gene (AT5G48900)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G48900  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G48900  
Description pectate lyase family protein; FUNCTIONS IN: lyase activity, pectate lyase activity; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pectin lyase fold/virulence factor (InterPro:IPR011050), AmbAllergen (InterPro:IPR018082), Pectate lyase/Amb allergen (InterPro:IPR002022), Pectin lyase fold (InterPro:IPR012334), Parallel beta-helix repeat (InterPro:IPR006626); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: pectate lyase family protein (TAIR:AT3G07010.1); Has 906 Blast hits to 903 proteins in 156 species: Archae - 0; Bacteria - 367; Metazoa - 0; Fungi - 133; Plants - 398; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 8 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 19816690-19817889)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT5G48900                        5'->3' (+)
Promoter sequence

 
AT5G48880.1         
AT5G48880.2         
AT5G48880.3         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence






 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G48900

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA10+19825137-103

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone+19825137-103
TSS cloneAclone+19825138-102

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxCTCTTATATAAT+1982509919825110-141-130
Y PatchCTTCCTTCTTCCTTCTTCTTCTT+1982514919825171-91-69
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGATTAGGCC+1982505419825061-186-179
 AtREG506ATTAGGCC PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA4-19817843AT5G48880.2, AT5G48880.3

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone-19817839AT5G48880.2, AT5G48880.3
TSS cloneTclone-19817831AT5G48880.2, AT5G48880.3
TSS cloneAclone-19817139AT5G48880.1, AT5G48880.2, AT5G48880.3
TSS cloneGclone-19817090AT5G48880.1, AT5G48880.2, AT5G48880.3

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxTTGTATATATAAT-1981786419817876AT5G48880.2, AT5G48880.3
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.