PlantPromoterDB promoter information of AT5G49750.1

Summary of Gene (AT5G49750.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G49750 TAIR NCBI
Gene model	AT5G49750.1
Description	leucine-rich repeat family protein; FUNCTIONS IN: protein binding; INVOLVED IN: signal transduction; LOCATED IN: endomembrane system; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Leucine-rich repeat (InterPro:IPR001611), Leucine-rich repeat, N-terminal (InterPro:IPR013210); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: leucine-rich repeat family protein / protein kinase family protein (TAIR:AT5G49760.1); Has 33514 Blast hits to 12620 proteins in 582 species: Archae - 16; Bacteria - 1703; Metazoa - 5611; Fungi - 326; Plants - 23601; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 2255 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 20204178-20205377)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G49750.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G49730.1 AT5G49740.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G49750.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 4 - 20204470 AT5G49730.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	4	-	20204470	AT5G49730.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone - 20204513 AT5G49730.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	-	20204513	AT5G49730.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TAAAAGCC - 20204515 20204522 AT5G49730.1

AtREG549 TAAAAGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG TCACGTGTT - 20204686 20204694 AT5G49730.1

AtREG628 TCACGTGT DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG590 CACGTGTT ABA, JA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

REG ACGTGACA - 20204717 20204724 AT5G49730.1

AtREG606 ACGTGACA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG TACCCTTA - 20204746 20204753 AT5G49730.1

AtREG570 TACCCTTA PPDB Motif ACCCT PLACE Motif